Site Loader

Содержание

Атомарный дизайн (Atomic design): определение термина, особенности методологии

Методология в UI-дизайне, позволяющая наиболее оптимальным образом проектировать дизайн-систему. Концепция сформулирована разработчиком интерфейсов Брэдом Фростом под лозунгом «Создавайте системы, а не страницы». Иными словами, вместо того, чтобы проектировать, например, страницу интерфейса сразу целиком, логичнее собирать её по деталям. Из мельчайших элементов собирать более крупные и формировать таким образом модульные страницы и блоки, что при необходимости их будет легко изменить в любом месте и любом объёме, убрав или заменив нужный элемент.

Пример атомарного дизайна SimpleOne

Пять последовательных этапов атомарного дизайна

Атомы (Atoms)

Базовые кирпичики (HTML-элементы), из которых состоит интерфейс. Их невозможно разбить на более мелкие элементы без потери функционального значения. Сюда входят кнопки, цвета, иконки, строки ввода, цветовые палитры, анимация. Как и в природе, атомы интерфейса не могут существовать сами по себе и обретают смысл только в тех или иных сочетаниях друг с другом. Служат библиотекой шаблонов.

Отдельные атомы: лейбл, строка ввода, кнопка (источник)

Молекулы (Molecules)

Простейшие группы атомов, функционирующие вместе как единый смысловой юнит. Такой юнит можно целиком вставлять, перемещать и копировать в тех местах интерфейса, в которых необходима функция данного юнита. Служат основой дизайн-систем, так как предназначены для многократного применения в едином интерфейсе. Молекулы образуют полноценные строительные блоки для работы. Из них можно построить организмы.

Единая молекула: поиск (источник)

Организмы (Organisms)

Более сложные группировки атомов и молекул, составляющие относительно сложные дискретные секции интерфейса. Могут состоять из одинаковых и/или разных типов молекул. Например, организм с титульных страниц сайта может состоять из множества различных компонентов: лого, системы навигации, формы поиска, блока ссылок на социальные сети. А организм товарной сетки будет состоять из одной многократно повторяющейся молекулы, содержащей, например, фото, название и цену товара. На данном этапе проектирование становится достаточно наглядным для формирования визуального стиля интерфейса, внесения правок и обсуждения с заказчиком.

Организм: меню сайта (источник)

Шаблоны (Templates)

Здесь аналогия с химической структурой веществ заканчивается, и начинается специфика UI-дизайна. Шаблоны состоят в основном из групп организмов, скомпонованных вместе для формирования пустых макетов страниц. Схематично иллюстрируют расположение организмов и контента на страницах интерфейса — их размер, формат и т. п. Помогают внести конкретику в работу с относительно абстрактными молекулами и организмами, структурируют их.

Шаблон страницы сайта (источник)

Страницы (Pages)

Конкретизированные экземпляры шаблонов. Страницы заполняются реальным контентом. На данном этапе наиболее явно показывается эффективность всей дизайн-системы. Конкретный вид страницы выявляет все ошибки на предыдущих этапах, а дизайн-система, сформированная по принципу атомарного дизайна, позволяет безболезненно, точечно и быстро их поправить на уровне атомов, молекул или организмов.

Пример страницы в атомарном дизайне (источник)

Сто педагогов химии создали макеты молекул на «Нефтяной кухне» в Альметьевске

(Казань, 23 марта, «Татар-информ», Эльза Кузнецова). С 18 по 23 марта 100 учителей химии из Альметьевского, Бугульминского, Бавлинского, Лениногорского и Азнакаевского районов РТ прошли бесплатную обучающую программу от всероссийского проекта «Нефтяная кухня», где педагоги получили дополнительные возможности для эффектного проведения уроков химии. Об этом ИА «Татар-информ» сообщила руководитель образовательного проекта Айгюль Шадрина.

Обучение состоялось в новом общественном центре в Альметьевске. Подобное мероприятие для татарстанских учителей химии проводится уже во второй раз. Первый этап прошел в августе 2020-го в режиме онлайн. «Проект получил позитивный отклик от учителей и запрос на дополнительные материалы», – рассказала собеседница агентства.

На этот раз для педагогов организаторы подготовили видеоролики про природные ресурсы, топлива и полимеры, добавили вводный урок по органической химии.

Программа включает теоретическую и практическую часть. Сначала тренеры всероссийского проекта помогли учителям разобраться в современных подходах к проведению уроков, а после учителя химии сами создали макеты молекул, подготовили реквизит и отрепетировали уроки по предложенным сценариям.

Бонусом стала коробка «Набор учителя химии», которая была вручена каждому педагогу, прошедшему обучение. Набор включает сценарии уроков, макеты молекул, блокноты и другие необходимые предметы. Также у учителей химии появилась упрощенная схема устройства нефтеперерабатывающего завода, которую они смогут разместить в классе.

Темы уроков связаны с актуальными направлениями промышленности на юго-востоке Татарстана – добыча и переработка нефти, нефтегазохимия, экология и циркулярная экономика.

Всероссийский проект «Нефтяная кухня» реализуется совместно с Благотворительным фондом «Татнефть». С 2019 года для школьников и учителей республики разрабатывают современные образовательные программы, которые дают не только образовательный, но еще и профориентационный эффект.

«Чем подробнее мы вместе с учителями химии знакомим школьников с важными направлениями промышленности, тем более осознанным становится их выбор будущей профессии. Это очень важно, ведь именно в любимом деле, профессии у человека чаще всего рождаются изобретения и новые открытия», – прокомментировала

руководитель всероссийского образовательного проекта «Нефтяная кухня».

В планах – проведение в 2021 году еще двух крупных мероприятий для других сегментов образовательной школьной системы. В апреле состоится инженерный проект для старшеклассников Альметьевска, в рамках которого они создадут макеты нефтеперерабатывающего завода с человеческий рост; в ноябре пройдут мастер-классы для учеников и учителей средней школы.

«В дальнейшем программа по обучению учителей химии будет расширена. Цель – создание профессионального сообщества учителей химии в Татарстане», – отметила Айгюль Шадрина.

Американцы создали программу-конструктор для сборки молекул РНК

Эта методика сборки РНК подразумевает создание и изучение свойств виртуального «макета» молекулы РНК при помощи специальной компьютерной программы и сборку уже готового продукта без необходимости проверять каждый шаг этого процесса.

«Нам пришлось разработать модели, которые были бы достаточно комплексными для точного отображения тонкостей, необходимых для адекватной имитации функции системы, и одновременно достаточно простыми для оформления в виде измеряемых и управляемых переменных. Мы представляли себе эти переменные как части системы, которые можно менять с предсказуемым результатами — примерно так же, как инженер-химик управляет химической фабрикой, двигая ручками от клапанов. Модели были нужны для того, чтобы предсказывать, как комбинация из положений разных ручек повлияет на работу всей системы», — пояснил один из участников группы Джеймс Каротерс (James Carothers) из Калифорнийского университета в Беркли.

Система Кислинга и его коллег предназначена для сборки одних из самых сложных молекул РНК — так называемых рибозим и аптазим. Эти молекулы могут управлять множеством различных процессов — они влияют на считывание генов, блокируют работу других РНК или могут работать в качестве катализаторов реакций внутри клетки.

Авторы статьи изучили механические и химические законы, управляющие параметрами сборки молекулы РНК и влияющие на ее свойства, и оформили их в виде компьютерных алгоритмов. На основе этих алгоритмов ученые разработали компьютерную программу, позволявшую собирать виртуальные молекулы РНК и наблюдать за ее взаимодействием с другими веществами и прочими цепочками РНК. Проверенную версию молекулы можно будет собрать уже в реальных условиях, не затрачивая усилия на дополнительные проверки.

Для проверки работы этой системы ученые собрали 24 различных версии рибозимной РНК и сравнили то, насколько запрограммированные функции молекулы будут соответствовать реальным результатам ее работы в клетках кишечной палочки (Escherichia coli).

По задумке Кислинга и его коллег каждая молекула РНК должна была заставлять бактерии вырабатывать определенное количество красного флуоресцентного белка (RFP). В целом, все молекулы работали так, как задумывали ученые — их общая «точность» приближается к 94%.

Как отмечается в статье, ученые планируют использовать свое изобретение для улучшения работы бактериальных «фабрик» биотоплива и создания штаммов бактерий, пригодных для выработки лекарств и дорогостоящих органических веществ.

V.E. Zuev Institute of Atmospheric Optics

Конкурс Российского научного фонда
«Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований коллективами существующих научных лабораторий»:

 
Проект 14-27-00022 http://rscf.ru/prjcard?rid=14-27-00022

«Лазерное зондирование аэрозольного, газового, метеорологического состава атмосферы от приземного слоя до мезосферы (методы, аппаратура, исследования)» 2014–2016 гг.
 Руководитель: д.ф.-м.н. Г.Г. Матвиенко.

 

2014. Результаты:

1. Аналитический обзор по современным лидарным методам зондирования облачных и аэрозольных полей, МГС и метеопараметров атмосферы.
2. Информационно-вычислительная система для дистанционного газоанализа атмосферы методом дифференциального поглощения;
3. Результаты численного моделирования лидарного зондирования в диапазонах генерации перестраиваемых многоволновых ИК лазеров.
4. Экспериментальные измерительные установки для лидарного газоанализа на основе многоволновых ИК лазеров.
5. Макет приемо-передатчика поляризационного сканирующего лидара для зондирования пространственно-временной структуры кристаллических облаков.
6. Модернизированный лидарный комплекс для зондирования озона на Сибирской лидарной станции.
7. Макет поляризационного блока для измерения взаимно ортогональных компонент сигнала с использованием линейной и круговой поляризации излучения передатчика.

8. Макет приемо-передатчика лидара для дистанционного определения вертикального распределения температуры в тропосфере на основе анализа интенсивностей линий чисто вращательного спектра СКР на молекулах атмосферного азота и кислорода.
9. Макет блока спектральной селекции участков чисто вращательного спектра СКР на молекулах азота и кислорода на основе оригинального двойного дифракционного монохроматора.
10. Модернизация компьютерного алгоритма физической оптики для случая невыпуклых кристаллических частиц.
11. Банк данных матриц обратного рассеяния для кристаллов выпуклой формы для длин волн 0.355, 0.532, 1.064 и 1.5 мкм.
12. Пакет программ для расчета по лидарным сигналам метеопараметров атмосферы.
13. Методики и алгоритмы восстановления концентрации парниковых газов при зондировании из космоса.
14. Результаты лидарного мониторинга зондирования облачных и аэрозольных полей, озона, МГС и метеопараметров атмосферы.
15. Монография: Бобровников С.М., Матвиенко Г.Г., Романовский О.А., Сериков И.Б., Суханов А.Я. «Лидарный спектроскопический газоанализ атмосферы» Томск. Изд-во ИОА СО РАН. 2014. 508 с.

2015. Результаты:

1. Результаты комплексного аэрозольного оптического эксперимента с использованием средств дистанционного и локального контроля параметров атмосферы, в том числе интеркалибровка лидарных данных о характеристиках атмосферы с данными стандартных измерений (наземные наблюдательные посты и радиозонды) и спутниковыми измерениями.
2. Результаты сопоставления различных подходов к восстановлению микроструктуры аэрозоля по данным многоволнового лидарного зондирования на основе использования метода регуляризации и итерационного алгоритма.

3. Границы применимости метода физической оптики для расчета матриц рассеяния света в перистых облаках.
4. Оценка влияния параметра неидеальности формы гексагональных ледяных кристаллов на параметры лидарных сигналов: спектральное, деполяризационное и лидарное отношения.
5. Анализ данных измерений характеристик стратосферного аэрозольного слоя, температуры, концентрации озона в районе тропопаузы и общего содержания озона на предмет выявления кратковременных аномальных изменений и долговременных трендов изменений.
6. Базы данных измерений вертикальных профилей озона в верхней тропосфере – нижней стратосфере, оптических характеристик стратосферного аэрозольного слоя, общего содержания озона.
7. Корректировка эмпирических моделей рассеивающих характеристик фонового стратосферного аэрозоля.
8. Ряд данных вертикального распределения аэрозоля, температуры и плотности в стратосфере и мезосфере над Томском в условиях их фонового и возмущенного состояния, полученный на основе лидарных измерений.
9. Пакет программ обработки и представления данных лидарного зондирования.
10. Результаты моделирования и решения обратной задачи для лидаров космического базирования при восстановлении концентрации парниковых газов.
11. Программный комплекс имитации процесса переноса излучения, добавление оптико-аэрозольной модели в программный модуль расчета.
12. Монография «Лидарное зондирование облачных и аэрозольных полей, МГС и метеопараметров атмосферы». Томск. Изд-во ИОА СО РАН. 2015.

2016. Ожидаемые результаты

1. Макет приемо-передатчика поляризационного сканирующего лидара для зондирования пространственно-временной структуры кристаллических облаков.
2. Метод совместного определения показателя преломления и характеристик функции распределения аэрозольных частиц по многоволновым лидарным измерениям коэффициентов ослабления (355 и 532 нм) и обратного рассеяния (355, 532 и 1064 нм).
3. Результаты натурных исследований одновременных наблюдений вертикальных распределений аэрозоля и метеопараметров, выявление их корреляционных зависимостей.
4. Оптическая схема монохроматора для одновременного спектрального выделения Q-ветвей колебательно-вращательных спектров СКР кислорода, азота и водяного пара.
5. Методика дистанционного определения температуры и влажности тропосферы на основе анализа лидарных сигналов комбинационного рассеяния.
6. Сравнение рассчитанных характеристик света, рассеянного на ориентированных ледяных кристаллах, с экспериментальными данными, полученными сканирующими поляризационными лидарами.
7. Матрицы обратного рассеяния для кристаллов невыпуклых форм.
8. Данные измерений вертикальных профилей озона в верхней тропосфере – нижней стратосфере, оптических характеристик стратосферного аэрозольного слоя, общего содержания озона.
9. Дополненный за 2016 г. многолетний ряд данных по лидарным наблюдениям вертикального распределения аэрозоля, температуры и плотности в средней атмосфере над Томском.
10. Результаты натурных экспериментов по лидарному газоанализу с использованием лазера на основе ПГС в области спектра 3– 4 мкм.
12. Методика и алгоритм восстановления концентрации парниковых газов при многоволновом аэрокосмическом лидарном зондировании.
13. Методики и алгоритмы восстановления концентрации водяного пара и микрофизических аэрозольных характеристик с применением лидаров на основе фемтосекундных источников излучения.
14. Монография «Сибирская лидарная станция: аппаратура и результаты». Томск. Изд-во ИОА СО РАН. 2016.

Тендер 0121300035320000237: Демонстративные приборы, модели, макеты

Позиция Кол-во Ед. изм. Цена Сумма Доля
1. Комплект коллекций демонстрационный 1 шт 16 073,00 ₽ 16 073,00 ₽ 0,73%
2. Комплект влажных препаратов демонстрационный 1 шт 32 425,00 ₽ 32 425,00 ₽ 1,48%
3. Столик подъемный 1 шт 3 775,00 ₽ 3 775,00 ₽ 0,17%
4. Горелка универсальная 1 шт 734,00 ₽ 734,00 ₽ 0,03%
5. Зажим винтовой 2 шт 229,00 ₽ 458,00 ₽ 0,02%
6. Щипцы тигельные 2 шт 524,00 ₽ 1 048,00 ₽ 0,05%
7. Набор пинцетов 2 шт 1 346,00 ₽ 2 692,00 ₽ 0,12%
8. Комплект моделей – аппликаций демонстрационный 1 шт 27 269,00 ₽ 27 269,00 ₽ 1,24%
9. Набор прозрачных геометрических тел с сечениями 1 шт 9 090,00 ₽ 9 090,00 ₽ 0,41%
10. КОМПЛЕКТ ЗООЛОГИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ДЕМОНСТРАЦИОННЫЙ 1 шт 17 095,00 ₽ 17 095,00 ₽ 0,78%
11. КОМПЛЕКТ АНАТОМИЧЕСКИХ МОДЕЛЕЙ ДЕМОНСТРАЦИОННЫЙ 1 шт 104 635,00 ₽ 104 635,00 ₽ 4,76%
12. Набор для моделирования электронного строения атомов 1 шт 5 331,00 ₽ 5 331,00 ₽ 0,24%
13. Набор для моделирования строения атомов и молекул 15 шт 3 758,00 ₽ 56 370,00 ₽ 2,57%
14. Комплект для практических работ для моделирования молекул по органической химии 15 шт 2 518,00 ₽ 37 770,00 ₽ 1,72%
15. Модели объемные демонстрационные для начальных классов 4 шт 25 783,00 ₽ 103 132,00 ₽ 4,70%
16. Комплект микропрепаратов по анатомии, ботанике, зоологии, общей биологии 1 шт 30 013,00 ₽ 30 013,00 ₽ 1,37%
17. Прибор для демонстрации водных свойств почвы 1 шт 2 027,00 ₽ 2 027,00 ₽ 0,09%
18. Прибор для демонстрации всасывания воды корнями 1 шт 1 241,00 ₽ 1 241,00 ₽ 0,06%
19. Прибор для обнаружения дыхательного газообмена у растений и животных 1 шт 3 182,00 ₽ 3 182,00 ₽ 0,14%
20. Прибор для сравнения углекислого газа во вдыхаемом и выдыхаемом воздухе 15 шт 1 538,00 ₽ 23 070,00 ₽ 1,05%
21. Теллурий 1 шт 6 210,00 ₽ 6 210,00 ₽ 0,28%
22. Глобус Земли политический 1 шт 1 518,00 ₽ 1 518,00 ₽ 0,07%
23. Коллекция минералов и горных пород, полезных ископаемых, почв 2 шт 6 256,00 ₽ 12 512,00 ₽ 0,57%
24. Набор палеонтологических муляжей 1 шт 10 558,00 ₽ 10 558,00 ₽ 0,48%
25. Карта звездного неба 1 шт 2 062,00 ₽ 2 062,00 ₽ 0,09%
26. Модель-аппликация демонстрационная по обучению грамоте русского языка 4 шт 3 252,00 ₽ 13 008,00 ₽ 0,59%
27. Гербарий 1 шт 3 524,00 ₽ 3 524,00 ₽ 0,16%
28. Глобус Земли физический 16 шт 1 518,00 ₽ 24 288,00 ₽ 1,11%
29. Набор по основам математики и конструирования 4 шт 22 579,00 ₽ 90 316,00 ₽ 4,11%
30. Глобус большой в холл 1 шт 175 183,00 ₽ 175 183,00 ₽ 7,98%
31. Модели раздаточные по математике для начальных классов 3 шт 6 579,00 ₽ 19 737,00 ₽ 0,90%
32. Модель-аппликация демонстрационная по множествам 4 шт 2 486,00 ₽ 9 944,00 ₽ 0,45%
33. Модель-аппликация демонстрационная (касса) цифр 4 шт 2 174,00 ₽ 8 696,00 ₽ 0,40%
34. Глобус Марса с подсветкой 1 шт 2 360,00 ₽ 2 360,00 ₽ 0,11%
35. Глобус Луны с подсветкой 1 шт 2 360,00 ₽ 2 360,00 ₽ 0,11%
36. Глобус Земли физический 1 шт 1 442,00 ₽ 1 442,00 ₽ 0,07%
37. Астрономическая демонстрационная модель Солнце — Земля — Луна 1 шт 5 900,00 ₽ 5 900,00 ₽ 0,27%
38. НАБОР КАЛОРИМЕТРИЧЕСКИХ ТЕЛ ЛАБОРАТОРНЫЙ 15 шт 1 110,00 ₽ 16 650,00 ₽ 0,76%
39. Калориметр с набором калориметрических тел 1 шт 2 185,00 ₽ 2 185,00 ₽ 0,10%
40. Комплект для изучения возобновляемых источников энергии 1 шт 43 169,00 ₽ 43 169,00 ₽ 1,97%
41. Мини-экспресс-лаборатории радиационно-химической разведки 1 шт 64 410,00 ₽ 64 410,00 ₽ 2,93%
42. Комплект для практических работ для моделирования молекул по неорганической химии 15 шт 2 338,00 ₽ 35 070,00 ₽ 1,60%
43. Модель молекулы белка 1 шт 2 876,00 ₽ 2 876,00 ₽ 0,13%
44. Комплект моделей кристаллических решеток 1 шт 20 495,00 ₽ 20 495,00 ₽ 0,93%
45. Коллекции и гербарии 4 шт 9 365,00 ₽ 37 460,00 ₽ 1,71%
46. Модель-аппликация демонстрационная по иностранному языку 4 шт 1 307,00 ₽ 5 228,00 ₽ 0,24%
47. Модель «Единицы объема» 1 шт 1 329,00 ₽ 1 329,00 ₽ 0,06%
48. Набор деревянных геометрических тел (14 шт.) 1 шт 975,00 ₽ 975,00 ₽ 0,04%
49. Набор деревянных геометрических тел демонстрационный (9 шт.) 1 шт 6 412,00 ₽ 6 412,00 ₽ 0,29%
50. Модель-аппликация природных зон Земли 1 шт 5 014,00 ₽ 5 014,00 ₽ 0,23%
51. Модель движения океанических плит 1 шт 5 474,00 ₽ 5 474,00 ₽ 0,25%
52. Набор принадлежностей из пропилена (микролаборатория) 15 шт 11 100,00 ₽ 166 500,00 ₽ 7,58%
53. Набор принадлежностей для монтажа простейших приборов по химии 1 шт 11 685,00 ₽ 11 685,00 ₽ 0,53%
54. Прибор для окисления спирта над медным катализатором 1 шт 1 765,00 ₽ 1 765,00 ₽ 0,08%
55. Набор для электролиза демонстрационный 1 шт 2 674,00 ₽ 2 674,00 ₽ 0,12%
56. Штатив химический демонстрационный 1 шт 8 915,00 ₽ 8 915,00 ₽ 0,41%
57. Центрифуга демонстрационная 1 шт 4 859,00 ₽ 4 859,00 ₽ 0,22%
58. Весы электронные с USB-переходником 1 шт 11 144,00 ₽ 11 144,00 ₽ 0,51%
59. Штатив для пробирок 15 шт 105,00 ₽ 1 575,00 ₽ 0,07%
60. АМПЕРМЕТР-ВОЛЬТМЕТР С ГАЛЬВАНОМЕТРОМ ДЕМОНСТРАЦИОННЫЙ 1 шт 9 264,00 ₽ 9 264,00 ₽ 0,42%
61. Глобус звездного неба с подстветкой 1 шт 2 360,00 ₽ 2 360,00 ₽ 0,11%
62. Модель внутреннего строения земли 1 шт 4 982,00 ₽ 4 982,00 ₽ 0,23%
63. Солнечные часы 1 шт 6 258,00 ₽ 6 258,00 ₽ 0,28%
64. Модель небесной сферы 1 шт 4 134,00 ₽ 4 134,00 ₽ 0,19%
65. Набор макетов планет земной группы 1 шт 8 006,00 ₽ 8 006,00 ₽ 0,36%
66. Модель строения солнечной системы электрическая 1 шт 18 441,00 ₽ 18 441,00 ₽ 0,84%
67. Магазин к автомату Калашникова 1 шт 839,00 ₽ 839,00 ₽ 0,04%
68. Пневматическая винтовка Байкал 2 шт 7 840,00 ₽ 15 680,00 ₽ 0,71%
69. Имитаторы ранений и поражений для тренажера — манекена 1 шт 23 974,00 ₽ 23 974,00 ₽ 1,09%
70. Макет простейшего укрытия в разрезе 1 шт 44 222,00 ₽ 44 222,00 ₽ 2,01%
71. Комплект масса-габаритных моделей оружия 1 шт 46 091,00 ₽ 46 091,00 ₽ 2,10%
72. Макет гранаты РГД-5 1 шт 2 695,00 ₽ 2 695,00 ₽ 0,12%
73. Макет гранаты Ф-1 1 шт 2 695,00 ₽ 2 695,00 ₽ 0,12%
74. Комплект для развития речи, навыков создания и проведения презентаций, создания портфолио, ведения пресс деятельности на родном и иностранных языках. 4 шт 8 003,00 ₽ 32 012,00 ₽ 1,46%
75. Муляжи предметов 4 шт 1 961,00 ₽ 7 844,00 ₽ 0,36%
76. Модели-аппликации для начальных классов 4 шт 9 876,00 ₽ 39 504,00 ₽ 1,80%
77. Тренажер для оказания первой помощи на месте происшествия 1 шт 165 296,00 ₽ 165 296,00 ₽ 7,53%
78. Стрелковый тренажер 1 шт 80 306,00 ₽ 80 306,00 ₽ 3,66%
79. Тренажер для освоения навыков сердечно-легочной реанимации взрослого и ребенка 1 шт 85 517,00 ₽ 85 517,00 ₽ 3,89%
80. Коллекция промышленных образцов тканей, ниток и фурнитуры 4 шт 1 487,00 ₽ 5 948,00 ₽ 0,27%
81. Коллекции по предметной области технология для начальных классов 4 шт 4 445,00 ₽ 17 780,00 ₽ 0,81%
82. Комплект демонстрационного оборудования по окружающему миру для начальных классов 4 шт 28 790,00 ₽ 115 160,00 ₽ 5,24%
83. Комплект чертежного оборудования и приспособлений 1 шт 3 441,00 ₽ 3 441,00 ₽ 0,16%
84. Электронная справочно-информационная таблица «Периодическая система химических элементов Д.И. Менделеева» с пультом 1 шт 67 105,00 ₽ 67 105,00 ₽ 3,06%
85. Комплект для проведения исследований окружающей среды 1 шт 60 113,00 ₽ 60 113,00 ₽ 2,74%
86. Компас ученический 25 шт 138,00 ₽ 3 450,00 ₽ 0,16%

Страница не найдена — Креатив

 

 

Политика в отношении обработки данных посетителей сайта

Настоящая политика конфеденциальности персональной информации (далее — Политика) действует в отношении всей информации, которую юр. лицо ИП Ковырева Елена Анатольевна (ОГРН: 309554309600242, ИНН: 550512470780, Юр. Адрес 644121, Марченко 11-21; Факт. Адрес: 644113 ул. 1-я Путевая д100: Россия, Омская область, г. Омск) и/или его аффилированные лица, могут получить о получить о пользователе во время использования им сайта https://kreativ55.ru.

Использование сайта  https://kreativ55.ru означает безоговорочное согласие пользователя с настоящей Политикой и сказанными в ней условиями обработки его персональной информации; в случае несогласия с этими условиями пользователь должен воздержаться от использования данного ресурса.

Персональная информация пользователей, которую получает и обрабатывает сайт https://kreativ55.ru.

  • Персональная информация, которую пользователь предоставляет о себе самостоятельно при оставлении заявки, совершении покупки, регистрации (создании учетной записи) или в ином процессе использования сайта.
  • Данные которые автоматически передаются сайтом https://kreativ55.ru в процессе его использования с помощью установленного на устройстве пользователя программного обеспечения, в том числе IP-адрес, информация из cookie, информация о браузере пользователя (или иной программе, с помощью которой осуществляется доступ к сайту), время доступа, адрес запрашиваемой страницы.
  • Данные, которые предоставляются сайту, в целях осуществления оказания услуг и/или предоставления иных ценностей для посетителей сайта, в соответствии с деятельностью настоящего ресурса: имя,  электронная почта, телефон.
  • Настоящая политика применима только к сайту https://kreativ55.ru и не контролирует и не несет ответственность за сайты третьих лиц, на которые пользователь может перейти по ссылкам, доступным на сайте https://kreativ55.ru.
    На таких сайтах у пользователя может собираться или запрашиваться иная персональная информация, а так же могут совершаться иные действия.
  • Сайт в общем случае не проверяет достоверность персональной информации, предоставляемой пользователями, и не осуществляет контроль за их дееспособностью. Однако сайт https://kreativ55.ru исходит из того, что пользователь предоставляет достоверную и достаточную персональную информацию по вопросам, предлагаемым в формах настоящего ресурса, и поддерживает эту информацию в актуальном состоянии.

Обратная связь: [email protected]

Строение вещества — урок. Физика, 7 класс.

Мельчайшей частицей вещества, которая определяет все свойства данного вещества, является молекула.

Молекула состоит из атомов. Число атомов и их распределение в молекуле является различным. В природе существует немногим более сотни атомов различного вида. Элементы обобщены и расположены в периодической таблице химических элементов, им даны наименования, например: водород, азот, углерод.

 

 

Молекулы одного и того же вещества одинаковы.

Например, молекула воды состоит из двух атомов водорода и одного атома кислорода.

  

  

Молекулы вещества находятся в непрерывном движении.

Движение частиц вещества называют тепловым движением.

Чем выше температура вещества, тем быстрее движение молекул.

Твёрдые вещества

В твёрдых веществах атомы или молекулы расположены близко друг к другу, и в результате их взаимодействия могут происходить только колебательные движения около определённой точки.

  

 

В твёрдых кристаллических веществах атомы расположены в определённом порядке и образуют кристаллическую решётку. Кристаллическим веществом является поваренная соль (атомы натрия — красного цвета, атомы хлора — синего).

 

 

В твёрдых аморфных веществах атомы расположены беспорядочно. Аморфными веществами являются смола, янтарь.

В жидкостях расстояние между молекулами больше, чем в твёрдых веществах, и движение молекул свободнее.

 

 

Расположение молекул воды

Молекулы газа находятся на больших расстояниях друг от друга. Поэтому взаимодействие молекул газа не учитывается. Пространство между молекулами позволяет сильно сжимать газы.

 

 

Молекулы водяного пара

 


Другие видеоуроки по школьной программе смотрите на InternetUrok.ru

 

Газ не имеет своей формы. Газ заполняет весь предоставленный объём, легко смешивается с другими газами. Энергия газа заключена в скорости движения его молекул. Каждая молекула пролетает большое расстояние, прежде чем столкнётся с другой молекулой или стенкой сосуда. Если молекулы находятся на очень большом расстоянии, то силы между ними уже не действуют.

 

Интересное видео «Взаимодействие молекул»:


Другие видеоуроки по школьной программе смотрите на InternetUrok.ru

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Методология атомарного дизайна | Атомный дизайн Брэда Фроста

Мои поиски методологии создания систем дизайна интерфейсов привели меня к поискам вдохновения в других областях и отраслях. Учитывая этот удивительно сложный мир, который мы создали, казалось вполне естественным, что другие области решали бы аналогичные проблемы, на которых мы могли бы поучиться и уместно. Как оказалось, множество других областей, таких как промышленный дизайн и архитектура, разработали интеллектуальные модульные системы для производства чрезвычайно сложных объектов, таких как самолеты, корабли и небоскребы.

Но мои первоначальные исследования продолжали возвращаться в мир природы, что вызвало у меня воспоминания о том, как я сидел за шаткой партой в химической лаборатории моей средней школы.

Исходя из химии

Мой класс химии в средней школе вел серьезный вьетнамский ветеринар с необычайно внушительными усами. Класс г-на Рэя имел репутацию одного из самых сложных классов в школе, в основном из-за задания, которое требовало от учеников уравновесить сотни и сотни химических уравнений, содержащихся в огромном рабочем листе.

Если вы похожи на меня, вам может понадобиться немного освежить память, чтобы вспомнить, как выглядит химическое уравнение, так что вперед:

Пример химического уравнения, показывающего атомы водорода и кислорода, объединяющиеся вместе, чтобы образовать молекулу воды.

Химические реакции представлены химическими уравнениями, которые часто показывают, как атомные элементы соединяются вместе, образуя молекулы. В приведенном выше примере мы видим, как водород и кислород вместе образуют молекулы воды.

В естественном мире атомных элементов объединяются в молекулы.Эти молекулы могут далее объединяться, образуя относительно сложные организмы. Расскажу немного подробнее:

  • Атомы — это основные строительные блоки всей материи. Каждый химический элемент имеет разные свойства, и их нельзя разбить дальше, не потеряв своего значения. (Да, на самом деле атомы состоят из еще более мелких частиц, таких как протоны, электроны и нейтроны, но атомы являются наименьшей функциональной единицей .)
  • Молекулы представляют собой группы из двух или более атомов, удерживаемых вместе химическими связями.Эти комбинации атомов приобретают свои уникальные свойства и становятся более осязаемыми и функциональными, чем атомы.
  • Организмы представляют собой совокупность молекул, функционирующих вместе как единое целое. Эти относительно сложные структуры могут варьироваться от одноклеточных организмов до невероятно сложных организмов, таких как люди.

Конечно, я упрощаю невероятно богатый состав Вселенной, но основная суть остается: атомы соединяются вместе, образуя молекулы, которые в дальнейшем объединяются, образуя организмы.Эта атомная теория означает, что вся материя известной вселенной может быть разбита на конечный набор атомных элементов:

Периодическая таблица химических элементов.

Очевидно, что стратегия мистера Рэя, по которой студенты умопомрачительно балансируют тонны химических уравнений, сработала, потому что я возвращаюсь к ней все эти годы спустя в поисках вдохновения в том, как подходить к дизайну интерфейса.

Методология атомного дизайна

К настоящему времени вы, возможно, задаетесь вопросом, почему мы говорим об атомной теории, и, может быть, вы даже немного сердитесь на меня за то, что я заставил вас заново пережить воспоминания о школьном уроке химии.Но я обещаю, что это куда-то идет.

Ранее мы обсуждали, как всю материю во Вселенной можно разбить на конечный набор атомных элементов. Так получилось, что наши интерфейсы можно разбить на аналогичный конечный набор элементов. В Периодической таблице HTML-элементов Джоша Дака прекрасно показано, как все наши веб-сайты, приложения, интрасети, шутихи и т. Д. Состоят из одних и тех же элементов HTML.

Периодическая таблица элементов HTML Джоша Дака.

Поскольку мы начинаем с аналогичного конечного набора строительных блоков, мы можем применить тот же процесс, который происходит в естественном мире, для проектирования и разработки наших пользовательских интерфейсов.

Введите атомарный дизайн.

Атомарный дизайн — это методология, состоящая из пяти отдельных этапов, работающих вместе для создания систем проектирования интерфейсов более продуманным и иерархическим образом. Пять стадий атомарного дизайна:

  1. Атомов
  2. Молекулы
  3. Организмы
  4. шаблоны
  5. Страниц
Атомарный дизайн — это атомы, молекулы, организмы, шаблоны и страницы, которые одновременно работают вместе для создания эффективных систем дизайна интерфейсов.

Атомарный дизайн — это не линейный процесс , а, скорее, ментальная модель, которая помогает нам думать о наших пользовательских интерфейсах как о едином целом и как о совокупности частей одновременно . Каждый из пяти этапов играет ключевую роль в иерархии наших систем проектирования интерфейсов. Давайте подробнее рассмотрим каждый этап.

Атомов

Если атомы являются основными строительными блоками материи, тогда атомов наших интерфейсов служат фундаментальными строительными блоками, составляющими все наши пользовательские интерфейсы .Эти атомы включают в себя базовые элементы HTML, такие как метки форм, поля ввода, кнопки и другие элементы, которые невозможно разбить дальше, не переставая работать.

Атомы включают в себя базовые теги HTML, такие как поля ввода, метки и кнопки.

Каждый атом в мире природы имеет свои уникальные свойства. Атом водорода содержит один электрон, а атом гелия — два. Эти внутренние химические свойства имеют глубокое влияние на их применение (например, взрыв Гинденбурга был настолько катастрофическим, потому что дирижабль был заполнен чрезвычайно легковоспламеняющимся газом водородом по сравнению с инертным газом гелием).Таким же образом каждый атом интерфейса имеет свои уникальные свойства, такие как размеры главного изображения или размер шрифта основного заголовка. Эти врожденные свойства влияют на то, как каждый атом должен применяться в более широкой системе пользовательского интерфейса.

В контексте библиотеки паттернов, атомы демонстрируют все ваши базовые стили с первого взгляда, что может быть полезным справочником, к которому вы будете постоянно возвращаться, когда вы разрабатываете и поддерживаете свою систему дизайна. Но, как и атомы в естественном мире, интерфейсные атомы не существуют в вакууме, а оживают только с применением.

Молекулы

В химии молекулы — это группы связанных вместе атомов, которые приобретают особые новые свойства. Например, молекулы воды и молекулы перекиси водорода обладают собственными уникальными свойствами и ведут себя совершенно по-разному, даже если они состоят из одних и тех же атомарных элементов (водорода и кислорода).

В интерфейсах молекул представляют собой относительно простые группы элементов пользовательского интерфейса, функционирующие вместе как единое целое . Например, метка формы, ввод для поиска и кнопка могут объединиться, чтобы создать молекулу формы поиска.

Молекула формы поиска состоит из атома метки, атома ввода и атома кнопки.

В сочетании эти абстрактные атомы внезапно обретают цель. Атом метки теперь определяет входной атом. Нажатие кнопки атом теперь отправляет форму. В результате получился простой переносимый компонент многократного использования, который можно использовать везде, где требуется функция поиска.

Теперь мы всегда делали сборку элементов в простые функциональные группы для создания пользовательских интерфейсов.Но посвятив этап методологии атомарного проектирования этим относительно простым компонентам, мы можем сделать несколько важных выводов.

Создание простых компонентов помогает дизайнерам и разработчикам интерфейсов придерживаться принципа единой ответственности, извечного правила информатики, которое поощряет менталитет «делай одно и делай это хорошо». Излишняя сложность одного шаблона делает программное обеспечение громоздким. Таким образом, создание простых молекул пользовательского интерфейса упрощает тестирование, способствует повторному использованию и способствует согласованности всего интерфейса.

Теперь у нас есть простые, функциональные, многоразовые компоненты, которые мы можем поместить в более широкий контекст. Войдите в организмы!

Организмы

Организмы — это относительно сложные компоненты пользовательского интерфейса, состоящие из групп молекул и / или атомов и / или других организмов . Эти организмы образуют отдельные части интерфейса.

Давайте вернемся к нашей молекуле поисковой формы. Форму поиска часто можно найти в заголовке многих веб-приложений, поэтому давайте поместим эту молекулу формы поиска в контекст организма заголовка.

Этот организм заголовка состоит из молекулы формы поиска, атома логотипа и молекулы первичной навигации.

Заголовок образует отдельный раздел интерфейса, даже если он содержит несколько более мелких частей интерфейса с их собственными уникальными свойствами и функциями.

Организмы могут состоять из одинаковых или разных типов молекул. Организм заголовка может состоять из разнородных элементов, таких как изображение логотипа, основной список навигации и форма поиска. Мы видим эти типы организмов почти на каждом посещаемом нами веб-сайте.

Организмы, такие как заголовки веб-сайтов, состоят из более мелких молекул, таких как первичная навигация, формы поиска, служебная навигация и логотипы.

В то время как некоторые организмы могут состоять из разных типов молекул, другие организмы могут состоять из одной и той же молекулы, повторяющейся снова и снова. Например, посетите страницу категории практически любого веб-сайта электронной коммерции, и вы увидите список продуктов, отображаемый в виде сетки.

Организм сетки продуктов на веб-сайте электронной коммерции Gap состоит из одной и той же молекулы продукта, повторяющейся снова и снова.

Переход от молекул к более сложным организмам дает дизайнерам и разработчикам важное чувство контекста. Организмы демонстрируют в действии эти более мелкие и простые компоненты и служат в качестве отдельных паттернов, которые можно использовать снова и снова. Организацию сетки продуктов можно использовать везде, где необходимо отобразить группу продуктов, от списков категорий до результатов поиска и связанных продуктов.

Теперь, когда у нас есть организмы, определенные в нашей дизайн-системе, мы можем отказаться от химической аналогии и применить все эти компоненты к чему-то, что напоминает веб-страницу!

Шаблоны

А теперь, друзья, пора попрощаться с нашей аналогией с химией.Язык атомов, молекул и организмов несет в себе полезную иерархию, позволяющую нам сознательно создавать компоненты наших систем проектирования. Но в конечном итоге мы должны перейти на язык, который больше подходит для нашего конечного результата и имеет больше смысла для наших клиентов, начальников и коллег. Попытка зайти слишком далеко в аналогии с химией может запутать заинтересованных лиц и заставить их думать, что вы немного сумасшедшие. Поверьте мне.

Шаблоны — это объекты уровня страницы, которые размещают компоненты в макете и формулируют базовую структуру содержимого дизайна. Чтобы продолжить наш предыдущий пример, мы можем взять организм заголовка и применить его к шаблону домашней страницы.

Шаблон домашней страницы состоит из организмов и молекул, нанесенных на макет.

Этот шаблон домашней страницы отображает все необходимые компоненты страницы, функционирующие вместе, что обеспечивает контекст для этих относительно абстрактных молекул и организмов . При создании эффективной системы дизайна очень важно продемонстрировать, как компоненты выглядят и работают вместе в контексте макета, чтобы доказать, что части составляют хорошо функционирующее целое.Мы поговорим об этом чуть позже.

Другой важной характеристикой шаблонов является то, что они фокусируются на основной структуре содержимого страницы, а не на конечном содержимом страницы. Дизайн-системы должны учитывать динамический характер контента, поэтому очень полезно четко сформулировать важные свойства компонентов, такие как размеры изображений и длина символов для заголовков и отрывков текста.

Марк Бултон обсуждает важность определения основной структуры содержимого страницы:

Вы можете создавать хорошие впечатления, не зная содержания.Что вы не можете сделать, так это создать хороший опыт, не зная структуры вашего контента. Какой ваш контент сделан из , а не то, что ваш контент равен . Марк Бултон

Определяя каркас страницы, мы можем создать систему, которая может учитывать разнообразный динамический контент, обеспечивая при этом необходимые ограничения для типов контента, которые используются в определенных шаблонах проектирования. Например, шаблон домашней страницы для Time Inc. показывает несколько ключевых компонентов в действии, а также демонстрирует структуру контента, касающуюся размеров изображений и длины символов:

Time Inc.шаблон домашней страницы демонстрирует базовую структуру содержимого.

Теперь, когда мы создали скелетную систему наших страниц, давайте поработаем им кости!

Страниц

Страницы — это особые экземпляры шаблонов, которые показывают, как выглядит пользовательский интерфейс с реальным репрезентативным контентом на месте . Основываясь на нашем предыдущем примере, мы можем взять шаблон домашней страницы и добавить в него репрезентативный текст, изображения и мультимедиа, чтобы показать реальный контент в действии.

На этапе страницы замещающий контент заменяется реальным репрезентативным контентом, чтобы оживить дизайн-систему.

Этап страницы — это наиболее конкретный этап атомарного дизайна, и он важен по довольно очевидным причинам. В конце концов, это то, что пользователи увидят и с чем будут взаимодействовать, когда они посетят ваш опыт. Это подпишут ваши заинтересованные стороны. И здесь вы видите, как все эти компоненты объединяются, чтобы сформировать красивый и функциональный пользовательский интерфейс. Захватывающий!

Помимо демонстрации окончательного интерфейса в том виде, в каком его увидят ваши пользователи, страниц необходимы для тестирования эффективности базовой системы дизайна .Именно на стадии страницы мы можем посмотреть, как все эти шаблоны работают, когда реальный контент применяется в дизайн-системе. Все ли отлично выглядит и работает так, как должно? Если ответ отрицательный, мы можем вернуться и изменить наши молекулы, организмы и шаблоны, чтобы лучше удовлетворять потребности нашего контента.

Когда мы добавляем реальный репрезентативный контент в шаблон главной страницы Time Inc., мы можем увидеть, как работают все эти базовые шаблоны дизайна.

На этапе страницы мы можем увидеть, что Time Inc.домашняя страница выглядит с реальным репрезентативным содержанием. Имея фактический контент, мы можем увидеть, правильно ли компоненты пользовательского интерфейса, составляющие страницу, обслуживают вливаемый в них контент.

Мы должны создавать системы, которые устанавливают шаблоны проектирования многократного использования, а также точно отражают реальность содержания, которое мы помещаем в эти шаблоны.

Pages также предоставляют место для формулирования вариаций в шаблонах , что имеет решающее значение для создания надежных и надежных систем проектирования.Вот лишь несколько примеров вариантов шаблона:

  • У пользователя есть один товар в корзине, а у другого пользователя десять товаров в корзине.
  • На панели управления веб-приложения обычно отображаются недавние действия, но этот раздел недоступен для начинающих пользователей.
  • Заголовок одной статьи может состоять из 40 символов, а заголовок другой статьи — из 340 символов.
  • Пользователи с правами администратора могут видеть на своей панели управления дополнительные кнопки и параметры по сравнению с пользователями, не являющимися администраторами.

Во всех этих примерах базовые шаблоны одинаковы, но пользовательские интерфейсы изменяются, чтобы отражать динамический характер содержимого. Эти вариации напрямую влияют на то, как построены лежащие в основе молекулы, организмы и шаблоны. Следовательно, создание страниц, учитывающих эти варианты, помогает нам создавать более устойчивые системы дизайна.

Итак, атомарный дизайн! Эти пять отдельных этапов одновременно работают вместе для создания эффективных систем дизайна пользовательского интерфейса.Кратко об атомном дизайне:

  • Атомы — это элементы пользовательского интерфейса, которые невозможно разбить дальше, и которые служат элементарными строительными блоками интерфейса.
  • Молекулы — это наборы атомов, которые образуют относительно простые компоненты пользовательского интерфейса.
  • Организмы — это относительно сложные компоненты, которые образуют отдельные части интерфейса.
  • Шаблоны размещают компоненты в макете и демонстрируют основную структуру содержимого дизайна.
  • Pages применяют реальный контент к шаблонам и формулируют варианты, чтобы продемонстрировать окончательный пользовательский интерфейс и проверить устойчивость дизайн-системы.

Преимущества атомарного дизайна

Так зачем проделывать всю эту глупость? Для чего нужен атомарный дизайн? Это правильные вопросы, учитывая, что мы уже давно занимаемся созданием пользовательских интерфейсов, не имея четкой пятиэтапной методологии. Но атомарный дизайн дает нам несколько ключевых идей, которые помогают нам создавать более эффективные и продуманные системы дизайна пользовательского интерфейса.

Часть и целое

Одно из самых больших преимуществ атомарного дизайна — это возможность быстро переключаться между абстрактным и конкретным. Мы можем одновременно видеть наши интерфейсы, разбитые на их атомарные элементы, а также видеть, как эти элементы объединяются вместе, чтобы сформировать наш окончательный опыт.

Атомарный дизайн позволяет дизайнерам перемещаться между абстрактным и конкретным.

В своей книге The Shape of Design Фрэнк Чимеро красиво формулирует силу, которую обеспечивает этот обход:

Художник, находясь на некотором расстоянии от мольберта, может оценить и проанализировать всю работу с этой позиции.Он внимательно изучает и прислушивается, выбирает следующий штрих, затем подходит к холсту, чтобы сделать это. Затем он снова отступает, чтобы посмотреть, что он сделал по отношению к целому. Это танец смены контекстов, бегущая по студийному полу болтовня, создающая тесную обратную связь между выставлением оценок и выставлением оценок. Фрэнк Химеро

Атомарный дизайн позволяет нам танцевать между контекстами, как это красноречиво описывает художник Фрэнк. Атомы, молекулы и организмы, из которых состоят наши интерфейсы, не живут в вакууме.И шаблоны и страницы наших интерфейсов действительно состоят из более мелких частей. Части нашего дизайна влияют на целое, а целое влияет на части. Эти два аспекта взаимосвязаны, и атомарный дизайн учитывает этот факт.

Когда дизайнеры и разработчики создают определенный компонент, мы как художник на холсте, создающий подробные штрихи. Когда мы рассматриваем эти компоненты в контексте макета с реальным репрезентативным контентом, мы похожи на художника, который в нескольких футах от холста оценивает, как его подробные штрихи влияют на всю композицию.Необходимо сосредоточиться на одном конкретном компоненте, чтобы убедиться, что он функциональный, удобный и красивый. Но также необходимо убедиться, что компонент функциональный, удобный и красивый в контексте окончательного пользовательского интерфейса .

Атомарный дизайн предоставляет нам структуру для навигации между частями и целым наших пользовательских интерфейсов, поэтому очень важно повторить, что атомарный дизайн не является линейным процессом . Было бы глупо разрабатывать кнопки и другие элементы по отдельности, а затем скрестить пальцы и надеяться, что все сойдется в единое целое.Поэтому не интерпретируйте пять стадий атомного дизайна как «Шаг 1: атомы; Шаг 2: молекулы; Шаг 3: организмы; Шаг 4: шаблоны; Шаг 5: страницы ». Вместо этого рассматривает этапы атомарного проектирования как мысленную модель, которая позволяет нам одновременно создавать окончательные пользовательские интерфейсы и лежащие в их основе системы проектирования .

Четкое разделение между структурой и содержанием

Обсуждение дизайна и содержимого немного похоже на обсуждение цыпленка и яйца .Марк Бултон объясняет:

Контент должен быть структурирован, и структурирование изменяет ваш контент, дизайн изменяет контент. Это не «контент, а затем дизайн», или «контент или дизайн». Это «содержание и дизайн». Марк Бултон

Хорошо продуманная система дизайна обслуживает контент, который живет внутри нее, а хорошо созданный контент знает, как он представлен в контексте пользовательского интерфейса. Устанавливаемые нами шаблоны интерфейса должны точно отражать характер текста, изображений и другого контента, который находится внутри них.Точно так же наш контент должен знать, как он будет представлен. Тесная взаимосвязь между контентом и дизайном требует от нас учитывать и то, и другое при создании пользовательского интерфейса.

Атомарный дизайн дает нам язык для обсуждения структуры наших паттернов пользовательского интерфейса, а также содержимого, которое находится внутри этих паттернов. Хотя существует четкое разделение между скелетом структуры контента (шаблонами) и конечным контентом (страницами), атомарный дизайн распознает, что они очень сильно влияют друг на друга.Например, возьмем следующий пример:

Слева мы видим скелет содержимого пользовательского интерфейса, который состоит из той же -й блочной молекулы , повторяющейся снова и снова. Справа мы видим, что происходит, когда мы заполняем каждый экземпляр молекулы блока человека репрезентативным содержанием. Визуализация скелета контента и репрезентативного окончательного контента позволяет нам создавать шаблоны, которые точно отражают контент, который живет внутри них. Если бы имя человека заключалось в пять строк в шаблоне, нам нужно было бы заняться этим нарушением поведения на более атомарном уровне.

Контент, который мы вливаем в наши пользовательские интерфейсы на этапе страницы, будет влиять на характеристики и параметры базовых шаблонов проектирования.

Что в имени?

В этой книге я упоминал, что в модульном дизайне и разработке нет ничего нового. Так почему мы вводим такие термины, как атомов , молекул и организмов , когда мы можем просто придерживаться установленных терминов, таких как модули , компоненты , элементы , разделы и областей ?

Пока я говорил об атомном дизайне, у меня были люди, которые предлагали альтернативные названия этапам методологии.Человек Один предложил бы: «Почему бы просто не назвать их элементами, модулями и компонентами?» в то время как Второй человек предлагал: «Почему бы просто не назвать их базой, компонентами и модулями?» Проблема с такими терминами, как компоненты и модули, заключается в том, что чувство иерархии не может быть выведено из одних только имен. Атомы, молекулы и организмы подразумевают иерархию , которую любой, обладающий базовыми знаниями в области химии, может надеяться осмыслить.

При этом называть вещи сложно и несовершенно.Названия, которые я выбрал для этапов атомарного дизайна, действительно хорошо подошли мне и командам, с которыми я работал, когда мы создавали системы дизайна пользовательского интерфейса. Но, возможно, они не работают для вас и вашей организации. Это более чем нормально. Вот одна точка зрения команды дизайнеров GE:

Когда мы показали нашим коллегам наши первоначальные концепции дизайн-системы, в которых использовалась таксономия атомарного дизайна, мы увидели несколько запутанный вид. […] Доказательства были очевидны, чтобы добиться успеха в нашей организации, мы должны были сделать таксономию более доступной. Джефф Кроссман, GE Design

Таксономия, на которую остановилась команда, была «Принципы», «Основы», «Компоненты», «Шаблоны», «Возможности» и «Приложения». Имеют ли вы смысл эти ярлыки? Неважно. Создав таксономию, которая имела смысл для их организации, каждый смог принять принципы атомарного дизайна и эффективно работать вместе.

«Атомарный дизайн» как модное слово включает в себя концепции модульного проектирования и разработки, которые становятся полезным сокращением для убеждения заинтересованных сторон и общения с коллегами.Но атомный дизайн — это не жесткая догма . В конечном итоге, любая таксономия, с которой вы будете работать, должна помочь вам и вашей организации более эффективно общаться, чтобы создать потрясающую систему дизайна пользовательского интерфейса.

Атомарный дизайн для пользовательских интерфейсов

Атомарный дизайн — это концепция, рожденная в Интернете. В конце концов, ваш скромный автор — веб-дизайнер, поэтому в этой книге основное внимание уделяется веб-интерфейсам. Но важно понимать, что атомарный дизайн применим ко всем пользовательским интерфейсам, а не только к веб-интерфейсам.

Вы можете применить методологию атомарного дизайна к пользовательскому интерфейсу любого программного обеспечения: Microsoft Word, Keynote, Photoshop, банкомата вашего банка и т. Д. Для демонстрации применим атомарный дизайн к родному мобильному приложению Instagram.

Атомарный дизайн применен к родному мобильному приложению Instagram.

Давайте рассмотрим этот атомизированный интерфейс Instagram:

  • Atoms : этот экран пользовательского интерфейса Instagram состоит из нескольких значков, некоторых элементов текстового уровня и двух типов изображений: основного изображения и изображения аватара пользователя.
  • Molecules : несколько значков образуют простые утилитарные компоненты, такие как нижняя панель навигации и панель действий с фотографиями, где пользователи могут лайкать или комментировать фотографию. Кроме того, простые комбинации текста и / или изображений образуют относительно простые компоненты.
  • Организмы : Здесь мы видим, как фотоорганизм обретает форму, которая состоит из информации пользователя, отметки времени, самой фотографии, действий вокруг этой фотографии и информации о фотографии, включая количество и подпись.Этот организм становится краеугольным камнем всего опыта Instagram, поскольку он многократно складывается в нескончаемый поток пользовательских фотографий.
  • Шаблоны : мы видим, как наши компоненты объединяются в контексте макета. Кроме того, именно здесь мы видим каркас открытого контента в Instagram, выделяющий динамический контент, такой как дескриптор пользователя, аватар, фотография, количество лайков и подпись.
  • Страницы : И, наконец, мы видим конечный продукт с добавленным в него реальным контентом, который помогает гарантировать, что базовая система дизайна объединится, чтобы сформировать красивый и функциональный пользовательский интерфейс.

Я показываю этот не-веб-пример, потому что атомарный дизайн имеет тенденцию ошибочно интерпретироваться как подход к веб-технологиям, таким как CSS и JavaScript. Позвольте мне прояснить это: атомарный дизайн не имеет ничего общего с веб-объектами, такими как CSS или архитектура JavaScript . В главе 1 мы обсудили тенденцию к модульности во всех аспектах дизайна и разработки, включая CSS и JavaScript. Это фантастические тенденции в CSS и JavaScript, но атомарный дизайн связан с созданием систем дизайна пользовательского интерфейса независимо от технологии, используемой для их создания.

Атомный дизайн в теории и на практике

В этой главе была представлена ​​методология атомарного дизайна и показано, как атомы, молекулы, организмы, шаблоны и страницы работают вместе для создания продуманных и продуманных систем дизайна интерфейсов. Атомарный дизайн позволяет нам видеть наши пользовательские интерфейсы, разбитые на их атомарные элементы, а также позволяет нам одновременно шагать через то, как эти элементы соединяются вместе, чтобы сформировать наши окончательные пользовательские интерфейсы. Мы узнали о тесной связи между контентом и дизайном и о том, как атомарный дизайн позволяет нам создавать системы дизайна, адаптированные к контенту, который живет внутри них.И, наконец, мы узнали, как язык атомарного проектирования дает нам полезное сокращение для обсуждения модульности с нашими коллегами и обеспечивает столь необходимое ощущение иерархии в наших системах проектирования.

Атомарный дизайн — это полезная методология проектирования и разработки, но по сути это просто ментальная модель для создания пользовательского интерфейса. К настоящему времени вам может быть интересно, , как вы делаете атомарный дизайн. Что ж, не бойтесь, дорогой читатель, потому что остальная часть книги посвящена инструментам и процессам, которые помогут воплотить в жизнь ваши мечты об атомном дизайне.

Глубокое обучение для молекулярного дизайна — обзор современного состояния

Всего за несколько лет глубокое генеративное моделирование произвело революцию в нашем представлении об искусственном творчестве, создав автономные системы, которые производят оригинальные изображения, музыку и текст. Вдохновленные этими успехами, исследователи теперь применяют методы глубокого генеративного моделирования для генерации и оптимизации молекул — в нашем обзоре мы нашли 45 статей по этой теме, опубликованных за последние два года.Эти работы указывают на будущее, в котором такие системы будут использоваться для генерации молекул свинца, что значительно сократит ресурсы, затрачиваемые на последующий синтез и определение плохих выводов в лаборатории. В этом обзоре мы рассматриваем все более сложный ландшафт предложенных моделей и схем представления. Мы описываем четыре класса методов: рекурсивные нейронные сети, автоэнкодеры, генеративные состязательные сети и обучение с подкреплением. Обсудив сначала некоторые математические основы каждой техники, мы проводим высокоуровневые связи и сравнения с другими методами и раскрываем плюсы и минусы каждой из них.В результате этой работы возникает несколько важных тем высокого уровня, в том числе переход от строкового представления молекул в SMILES к более сложным представлениям, таким как грамматики графов и трехмерные представления, важность дизайна функции вознаграждения, потребность в лучших стандартах для сравнительного анализа. и тестирование, а также преимущества состязательного обучения и обучения с подкреплением по сравнению с обучением, основанным на максимальном правдоподобии.

У вас есть доступ к этой статье

Подождите, пока мы загрузим ваш контент… Что-то пошло не так. Попробуй еще раз?

Одноклеточная молекулярная карта гаструляции и раннего органогенеза мыши

  • 1.

    Tam, P.P.L. & Behringer, R.R.Гаструляция мыши: формирование плана тела млекопитающих. мех. Dev . 68 , 3–25 (1997).

    CAS Статья Google Scholar

  • 2.

    Loh, K. M. et al. Картирование попарного выбора, ведущего от плюрипотентности к человеческим костям, сердцу и другим типам клеток мезодермы. Ячейка 166 , 451–467 (2016).

    CAS Статья Google Scholar

  • 3.

    Виотти, М., Новотчин, С., Хаджантонакис, А.-К. SOX17 связывает морфогенез энтодермы кишечника и сегрегацию зародышевого листка. Нат. Ячейка Биол . 16 , 1146–1156 (2014).

    CAS Статья Google Scholar

  • 4.

    Lescroart, F. et al. Определение самой ранней стадии сегрегации сердечно-сосудистых клонов с помощью одноклеточной RNA-seq. Наука 359 , 1177–1181 (2018).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 5.

    Ибарра-Сориа, X. et al. Определение органогенеза у мышей при разрешении отдельных клеток показывает роль лейкотриенового пути в регуляции образования предшественников в крови. Нат. Ячейка Биол . 20 , 127–134 (2018).

    CAS Статья Google Scholar

  • 6.

    Даунс, К. М. и Дэвис, Т. Определение стадии гаструлирующих эмбрионов мыши по морфологическим ориентирам в препаровальном микроскопе. Разработка 118 , 1255–1266 (1993).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 7.

    Koch, F. et al. Антагонистическая активность Sox2 и Brachyury контролирует выбор судьбы нейромезодермальных предшественников. Dev. Ячейка 42 , 514–526.e7 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 8.

    Tzouanacou, E., Wegener, A., Wymeersch, F.J., Wilson, V.И Николас, Ж.-Ф. Переопределение прогрессии клональных сегрегаций во время эмбриогенеза млекопитающих с помощью клонального анализа. Dev. Ячейка 17 , 365–376 (2009).

    CAS Статья Google Scholar

  • 9.

    Квон, Г. С., Виотти, М. и Хаджантонакис, А.-К. Энтодерма эмбриона мыши возникает в результате широко распространенной динамической интеркаляции эмбриональных и внеэмбриональных клонов. Dev. Ячейка 15 , 509–520 (2008).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 10.

    Finley, K. R., Tennessen, J. & Shawlot, W. Мышиный ген Secreted frizzled-related protein 5 экспрессируется в передней висцеральной энтодерме и энтодерме передней кишки во время раннего постимплантационного развития. Gene Expr. Паттерны 3 , 681–684 (2003).

    CAS Статья Google Scholar

  • 11.

    Маковер, А., Сопрано, Д. Р., Вятт, М. Л. и Гудман, Д. С. Исследование in situ гибридизации локализации ретинол-связывающего белка и транстиретиновых матричных РНК во время развития плода у крысы. Дифференциация 40 , 17–25 (1989).

    CAS Статья Google Scholar

  • 12.

    Мартинес Барбера, Дж. П. и др. Ген гомеобокса Hex необходим в дефинитивных энтодермальных тканях для нормального образования переднего мозга, печени и щитовидной железы. Разработка 127 , 2433–2445 (2000).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 13.

    Bosse, A. et al. Идентификация семейства гомеобоксов позвоночных ирокезов с перекрывающейся экспрессией на раннем этапе развития нервной системы. мех. Dev . 69 , 169–181 (1997).

    CAS Статья Google Scholar

  • 14.

    Осипович А.Б. и др. Insm1 способствует дифференцировке эндокринных клеток, модулируя экспрессию сети генов, которая включает Neurog3 и Ripply3 . Разработка 141 , 2939–2949 (2014).

    CAS Статья Google Scholar

  • 15.

    Хагверди, Л., Бюттнер, М., Вольф, Ф. А., Бюттнер, Ф. и Тайс, Ф. Дж. Псевдовремя диффузии надежно реконструирует ветвление клонов. Нат. Методы 13 , 845–848 (2016).

    CAS Статья Google Scholar

  • 16.

    Schiebinger, G. et al. Реконструкция ландшафтов развития с помощью анализа оптимального транспорта экспрессии одноклеточных генов проливает свет на клеточное репрограммирование. Препринт на https://www.bioRxiv.org/content/early/2017/09/27/1 (2017).

  • 17.

    Виотти, М., Фоли, А. К. и Хаджантонакис, А.К. Гуци движется у мышей: клеточная и молекулярная динамика морфогенеза энтодермы. Phil. Пер. R. Soc. Лондон. В 369 , 20130547 (2014).

    Артикул Google Scholar

  • 18.

    Deschamps, J. & Duboule, D. Эмбриональное время, аксиальные стволовые клетки, динамика хроматина и часы Hox. Гены Дев . 31 , 1406–1416 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 19.

    Палис, Дж. Гемопоэз, не зависящий от гемопоэтических стволовых клеток: появление эритроидного, мегакариоцитарного и миелоидного потенциала у эмбриона млекопитающих. FEBS Lett . 590 , 3965–3974 (2016).

    CAS Статья Google Scholar

  • 20.

    McGrath, K. E. et al. Определенные источники гематопоэтических предшественников возникают перед HSCs и обеспечивают функциональные клетки крови в эмбрионе млекопитающих. Отчеты по ячейкам 11 , 1892–1904 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • 21.

    Даунс, К. М., Гиффорд, С., Бланик, М. и Гарднер, Р. Л. Васкуляризация аллантоиса мыши происходит в результате васкулогенеза без сопутствующего эритропоэза. Разработка 125 , 4507–4520 (1998).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 22.

    Patan, S. in Ангиогенез в опухолях головного мозга (под ред. Kirsch, M.И Блэк, П. М.) 3–32 (Спрингер, Бостон, Массачусетс, 2004).

  • 23.

    Picelli, S. et al. Smart-seq2 для чувствительного профилирования полноразмерных транскриптомов в отдельных ячейках. Нат. Методы 10 , 1096–1098 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 24.

    Палис, Дж., Робертсон, С., Кеннеди, М., Уолл, К. и Келлер, Г. Развитие эритроидных и миелоидных предшественников в желточном мешке и собственно эмбрионе мыши. Разработка 126 , 5073–5084 (1999).

    CAS PubMed Google Scholar

  • 25.

    Tober, J. et al. Линия мегакариоцитов происходит от предшественников гемангиобластов и является неотъемлемым компонентом как примитивного, так и дефинитивного гематопоэза. Кровь 109 , 1433–1441 (2007).

    CAS Статья Google Scholar

  • 26.

    Сюй, М.-ж. и другие. Доказательства наличия примитивного мегакариоцитопоэза мышей в раннем желточном мешке. Кровь 97 , 2016–2022 (2001).

    CAS Статья Google Scholar

  • 27.

    Hoeffel, G. et al. Фетальные моноциты C-Myb + , происходящие из эритромиелоидных предшественников, дают начало взрослым тканевым макрофагам. Иммунитет 42 , 665–678 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • 28.

    Gomez Perdiguero, E. et al. Происхождение резидентных в ткани макрофагов: когда эритромиелоидный предшественник является эритромиелоидным предшественником. Иммунитет 43 , 1023–1024 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • 29.

    Bennett, M. L. et al. Новые инструменты для изучения микроглии в ЦНС мыши и человека. Proc. Natl Acad. Sci. США 113 , E1738 – E1746 (2016).

    CAS Статья Google Scholar

  • 30.

    Ginhoux, F. et al. Анализ картирования судьбы показывает, что взрослая микроглия происходит от примитивных макрофагов. Наука 330 , 841–845 (2010).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 31.

    Шивдасани, Р. А., Майер, Э. Л. и Оркин, С. Х. Отсутствие кроветворения у мышей, лишенных онкопротеина Т-клеточного лейкоза tal-1 / SCL. Природа 373 , 432–434 (1995).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 32.

    Robb, L. et al. Продукт гена scl необходим для генерации всех гемопоэтических клонов у взрослой мыши. EMBO J . 15 , 4123–4129 (1996).

    CAS Статья Google Scholar

  • 33.

    Van Handel, B. et al. Scl подавляет кардиомиогенез в предполагаемом гемогенном эндотелии и эндокарде. Ячейка 150 , 590–605 (2012).

    Артикул Google Scholar

  • 34.

    Хубер, Т. Л., Кускофф, В., Фелинг, Х. Дж., Палис, Дж. И Келлер, Г. Обязанность гемангиобластов инициируется в примитивной полоске эмбриона мыши. Природа 432 , 625–630 (2004).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 35.

    Briggs, J. A. et al. Динамика экспрессии генов в эмбриогенезе позвоночных при одноклеточном разрешении. Наука 360 , eaar5780 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 36.

    Farrell, J. A. et al. Одноклеточная реконструкция траекторий развития во время эмбриогенеза рыбок данио. Наука 360 , eaar3131 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 37.

    Wagner, D. E. et al. Одноклеточное картирование ландшафтов экспрессии генов и клонов в эмбрионе рыбок данио. Наука 360 , 981–987 (2018).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 38.

    Пижуан-Сала, Б., Гибентиф, К. и Гёттгенс, Б. Профилирование транскрипции отдельных клеток: окно в спецификацию типа эмбриональных клеток. Нат. Rev. Mol. Ячейка Биол . 19 , 399–412 (2018).

    CAS Статья Google Scholar

  • 39.

    Srinivas, S. et al. Репортерные штаммы Cre, полученные путем направленной вставки EYFP и ECFP в локус ROSA26 . BMC Dev. Биол . 1 , 4 (2001).

    CAS Статья Google Scholar

  • 40.

    Николс, Дж. И Джонс, К. Получение линий эмбриональных стволовых (ES) клеток мыши с использованием низкомолекулярных ингибиторов передачи сигналов Erk и Gsk3 (2i). Колд Спринг Харб. Протокол . 2017 , https://doi.org/10.1101/pdb.prot094086 (2017).

    Артикул Google Scholar

  • 41.

    Инь, Q.-L. и другие. Основное состояние самообновления эмбриональных стволовых клеток. Природа 453 , 519–523 (2008).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 42.

    Wray, J. et al. Ингибирование киназы-3 гликогенсинтазы снижает репрессию Tcf3 сети плюрипотентности и увеличивает устойчивость эмбриональных стволовых клеток к дифференцировке. Нат. Ячейка Биол . 13 , 838–845 (2011).

    CAS Статья Google Scholar

  • 43.

    Ran, F. A. et al. Геномная инженерия с использованием системы CRISPR-Cas9. Нат. Протоколы 8 , 2281–2308 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 44.

    Le Bin, G.C. et al. Oct4 необходим для праймирования клонов в развивающейся внутренней клеточной массе бластоцисты мыши. Разработка 141 , 1001–1010 (2014).

    Артикул Google Scholar

  • 45.

    Lun, A. et al. Отличие клеток от пустых капель в данных секвенирования одноклеточной РНК на основе капель. Препринт на https://www.bioRxiv.org/content/early/2018/04/04/234872 (2018).

  • 46.

    Лун, А. Т. Л., Маккарти, Д. Дж. И Мариони, Дж. С. Пошаговый рабочий процесс для низкоуровневого анализа данных РНК-секвенирования отдельных клеток с помощью Bioconductor. F1000Рес . 5 , 2122 (2016).

    PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 47.

    Wu, T. D. & Nacu, S. Быстрое и устойчивое к SNP обнаружение сложных вариантов и сплайсинг в коротких чтениях. Биоинформатика 26 , 873–881 (2010).

    CAS Статья Google Scholar

  • 48.

    Андерс, С., Пил, П. Т. и Хубер, В. HTSeq — среда Python для работы с данными высокопроизводительного секвенирования. Биоинформатика 31 , 166–169 (2015).

    CAS Статья Google Scholar

  • 49.

    Wolf, F. A., Angerer, P. & Theis, F. J. SCANPY: крупномасштабный анализ данных экспрессии генов одной клетки. Биология генома . 19 , 15 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 50.

    Bastian, M., Heymann, S. & Jacomy, M. Gephi: программное обеспечение с открытым исходным кодом для исследования и управления сетями.В Третья международная конференция AAAI по блогам и социальным сетям (AAAI, 2009).

  • 51.

    Jacomy, M., Venturini, T., Heymann, S. & Bastian, M. ForceAtlas2, алгоритм компоновки непрерывного графа для удобной визуализации сети, разработанный для программного обеспечения Gephi. PLoS One 9 , e98679 (2014).

    ADS Статья Google Scholar

  • 52.

    Wolf, F. A. et al. Абстракция графа согласовывает кластеризацию с выводом траектории через сохраняющую топологию карту отдельных ячеек. Препринт на https://www.bioRxiv.org/content/early/2017/10/25/208819 (2017).

  • 53.

    Робинсон, М. Д., Маккарти, Д. Дж. И Смит, Г. К. edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов. Биоинформатика 26 , 139–140 (2010).

    CAS Статья Google Scholar

  • 54.

    Dong, J. et al. Анализ одноклеточной РНК-seq раскрывает преобладающее эпителиальное / мезенхимальное гибридное состояние во время органогенеза у мышей. Биология генома . 19 , 31 (2018).

    Артикул Google Scholar

  • 55.

    Brennecke, P. et al. Учет технического шума в экспериментах с одноклеточной последовательностью РНК. Нат. Методы 10 , 1093–1095 (2013).

    CAS Статья Google Scholar

  • 56.

    Kinder, S.J. et al. Упорядоченное размещение мезодермальных клеток во внеэмбриональных структурах и переднезадней оси во время гаструляции эмбриона мыши. Разработка 126 , 4691–4701 (1999).

    CAS PubMed Google Scholar

  • Общий способ расчета молекулярно-массового распределения полимера с помощью проточной химии

  • 1.

    Гентекос, Д. Т., Сифри, Р. Дж. И Форс, Б. П. Управление свойствами полимера через форму молекулярно-массового распределения. Нат. Rev. Mater. 4 , 761–774 (2019).

    Артикул Google Scholar

  • 2.

    Stürzel, M., Mihan, S. & Mülhaupt, R. От катализа полимеризации на нескольких площадках до экологически чистых материалов и полностью полиолефиновых композитов. Chem. Ред. 116 , 1398–1433 (2016).

    PubMed Статья CAS Google Scholar

  • 3.

    Fors, B.P. et al. Использование формы распределения молекулярной массы для настройки расстояния между доменами в тонких пленках блок-сополимера. J. Am. Chem. Soc. 140 , 4639–4648 (2018).

    PubMed Статья CAS Google Scholar

  • 4.

    Гентекос, Д. Т. и Форс, Б. П. Форма молекулярно-массового распределения как универсальный подход к изменению поведения фаз блок-сополимера. ACS Macro Lett. 7 , 677–682 (2018).

    CAS Статья Google Scholar

  • 5.

    Whitfield, R. et al. Настройка дисперсности полимера и формы распределения молекулярной массы: методы и применения. Chem. Sci. 10 , 8724–8734 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 6.

    Розенблум, С. И., Гентекос, Д. Т., Зильберштейн, М. Н. и Форс, Б. П. Термопластические эластомеры, изготовленные по индивидуальному заказу: материалы, настраиваемые с помощью модуляции молекулярно-массового распределения. Chem. Sci. 11 , 1361–1367 (2020).

    CAS Статья Google Scholar

  • 7.

    Граббс, Р. Б. и Граббс, Р. Х. Перспектива 50-летия: живая полимеризация — акцент на молекуле в Макромолекулах . Макромолекулы 50 , 6979–6997 (2017).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 8.

    Лутц, Дж.-Ф., Лен, Дж.-М., Мейер, Э. В. и Матияшевски, К. От прецизионных полимеров до сложных материалов и систем. Нат. Rev. Mater. 1 , 16024 (2016).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 9.

    Hillmyer, M.A. Полидисперсные блок-сополимеры: не выбрасывайте их. J. Polym. Sci. Часть B Polym. Phys. 45 , 3249–3251 (2007).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 10.

    McDaniel, M. P. Глава 3 — Обзор хромового катализатора на носителе Филлипса и его коммерческого использования для полимеризации этилена. Adv. Катал. 53 , 123–606 (2010).

    CAS Google Scholar

  • 11.

    McDaniel, M. P. & DesLauriers, P. J. Полимеры этилена, HDPE. в Kirk-Othmer Encyclopedia of Chemical Technology 1–40 (John Wiley & Sons, Inc., 2015). https://doi.org/10.1002/0471238961.080110

    .a01.pub3

  • 12.

    Ван, Х., Цзян, М., Чжоу, З., Гоу, Дж. И Хуэй, Д. 3D-печать композитов с полимерной матрицей: обзор и перспективы.Compos. Часть B Eng. 110 , 442–458 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 13.

    Ligon, S. C., Liska, R., Stampfl, J., Gurr, M. & Mülhaupt, R. Полимеры для 3D-печати и индивидуального аддитивного производства. Chem. Ред. 117 , 10212–10290 (2017).

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 14.

    Tan, R. et al. Точная модуляция молекулярно-массового распределения для структурной инженерии. Chem. Sci. 10 , 10698–10705 (2019).

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 15.

    Галли П. Технология реакторных гранул: революционный подход к полимерным смесям и сплавам. Macromol. Symp. 78 , 269–284 (1994).

    CAS Статья Google Scholar

  • 16.

    Matsushita, Y. et al. Молекулярно-массовая зависимость расстояния между слоистыми доменами диблок-сополимеров в массе. Макромолекулы 23 , 4313–4316 (1990).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 17.

    Норо А., Иинума М., Сузуки Дж., Такано А. и Мацусита Ю. Влияние распределения состава на микрофазно-разделенную структуру из трехблочных сополимеров BAB. Макромолекулы 37 , 3804–3808 (2004).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 18.

    Matsushita, Y. et al. Влияние распределения состава на микрофазно-разделенную структуру из диблок-сополимеров. Макромолекулы 36 , 8074–8077 (2003).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 19.

    Мейлер, А. Дж., Эллисон, К. Дж., Эванс, К. М., Хиллмайер, М. А. и Бейтс, Ф.S. Управляемый полидисперсностью переход от орторомбической сетки fddd к ламелям в трехблочных тройных сополимерах поли (изопрен-b-стирол-b-этиленоксид). Макромолекулы 40 , 7072–7074 (2007).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 20.

    Мейлер А.Дж., Махантаппа М.К., Хиллмайер М.А. и Бейтс Ф.С. Синтез монодисперсного α-гидроксиполи (стирола) в углеводородных средах с использованием функционального органолития. Макромолекулы 40 , 760–762 (2007).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 21.

    Линд, Н. А. и Хиллмайер, М. А. Влияние полидисперсности на самосборку диблок-сополимеров. Макромолекулы 38 , 8803–8810 (2005).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 22.

    Линд, Н. А.И Хиллмайер, М. А. Влияние полидисперсности на переход порядок-беспорядок в расплавах блок-сополимеров. Макромолекулы 40 , 8050–8055 (2007).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 23.

    Whitfield, R., Parkatzidis, K., Rolland, M., Truong, N.P., Anastasaki, A. Настройка дисперсии с помощью фотоиндуцированного atrp: мономодальные распределения с концентрацией меди ppm. Angew. Chem. Int.Эд. 58 , 13323–13328 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 24.

    Лю Д., Спонза А. Д., Ян Д. и Чиу М. Регулирование дисперсности полимера светом: катионная полимеризация виниловых эфиров с использованием фотохромных инициаторов. Angew. Chem., Int. Эд. 58 , 16210–16216 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 25.

    Plichta, A., Zhong, M., Li, W., Elsen, A. M., Matyjaszewski, K. Настройка дисперсности диблок-сополимеров с помощью ARGET ATRP. Macromol. Chem. Phys. 213 , 2659–2668 (2012).

    CAS Статья Google Scholar

  • 26.

    Sarbu, T. et al. Полистирол с рассчитанным молекулярно-массовым распределением за счет радикального связывания с переносом атома. Макромолекулы 37 , 3120–3127 (2004).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 27.

    Bendejacq, D., Ponsinet, V., Joanicot, M., Loo, Y.-L. & Регистр, Р. А. Хорошо упорядоченные микродоменные структуры в полидисперсных диблок-сополимерах поли (стирол) — поли (акриловая кислота) от контролируемой радикальной полимеризации. Макромолекулы 35 , 6645–6649 (2002).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 28.

    Гентекос, Д. Т., Дюпюи, Л. Н. и Форс, Б. П. Помимо дисперсности: детерминированный контроль молекулярно-массового распределения полимера. J. Am. Chem. Soc. 138 , 1848–1851 (2016).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 29.

    Алассия, Л. М., Кусо, Д. А. и Мейра, Г. Р. Контроль молекулярно-массового распределения в полупериодической живой анионной полимеризации. II. Экспериментальное исследование. J. Appl. Polym. Sci. 36 , 481–494 (1988).

    CAS Статья Google Scholar

  • 30.

    Сифри Р. Дж., Падилья-Велес О., Коутс Г. В. и Форс Б. П. Управление формой молекулярно-массового распределения в координационной полимеризации и ее влияние на физические свойства. J. Am. Chem. Soc. 142 , 1443–1448 (2020).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 31.

    Доманский С., Гентекос Д. Т., Привман В. и Форс Б. П. Прогностический дизайн молекулярно-массовых распределений полимеров при анионной полимеризации. Polym. Chem. 11 , 326–336 (2020).

    CAS Статья Google Scholar

  • 32.

    Мейра, Г. Р. и Джонсон, А. Ф. Контроль молекулярно-массового распределения при непрерывной «живой» полимеризации посредством периодической подачи мономера. Polym. Англ. Sci. 21 , 415–423 (1981).

    CAS Статья Google Scholar

  • 33.

    Корриган, Н., Алмасри, А., Тайладес, В., Сюй, Дж. И Бойер, С. Управление молекулярно-массовым распределением посредством фотоиндуцированной проточной полимеризации. Макромолекулы 50 , 8438–8448 (2017).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 34.

    Рубенс М. и Юнкерс Т. Комплексный контроль над молекулярно-массовым распределением посредством автоматизированной полимеризации. Polym. Chem. 10 , 6315–6323 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 35.

    Corrigan, N. et al. Сополимеры с контролируемым молекулярно-массовым распределением и градиентами состава в результате проточной полимеризации. Макромолекулы 51 , 4553–4563 (2018).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 36.

    Фаркас, Э., Мезена, З. Г. и Джонсон, А. Ф. Расчет молекулярно-массового распределения с живыми реакциями полимеризации. Ind. Eng. Chem. Res. 43 , 7356–7360 (2004).

    CAS Статья Google Scholar

  • 37.

    Тонхаузер, К., Наталелло, А., Лёве, Х. и Фрей, Х. Технология микропотоков в синтезе полимеров. Макромолекулы 45 , 9551–9570 (2012).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 38.

    Басс, Б. Л. и Мияке, Г.М. Фотоиндуцированная управляемая радикальная полимеризация в потоке: методы, продукты, возможности. Chem. Матер. 30 , 3931–3942 (2018).

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 39.

    Рейс, М. Х., Лейбфарт, Ф. А. и Питет, Л. М. Полимеризация в непрерывном потоке: последние достижения в синтезе различных полимерных материалов. ACS Macro Lett. 9 , 123–133 (2020).

    CAS Статья Google Scholar

  • 40.

    Науман, Э. Б. Проектирование, оптимизация и масштабирование химических реакторов. Проектирование, оптимизация и масштабирование химических реакторов (John Wiley & Sons, Inc., 2008). https://doi.org/10.1002/9780470282076

  • 41.

    Плутшак, М. Б., Пибер, Б., Гилмор, К. и Сибергер, П. Х. Автостопом по проточной химии. Chem. Ред. 117 , 11796–11893 (2017).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 42.

    Agarwal, S. & Kleinstreuer, C. Анализ полимеризации стирола в трубчатом реакторе с непрерывным потоком. Chem. Англ. Sci. 41 , 3101–3110 (1986).

    CAS Статья Google Scholar

  • 43.

    Вурм, Ф., Вильмс, Д., Клос, Дж., Лёве, Х. и Фрей, Х. Карбанионы на отводе — живая анионная полимеризация в микроструктурированном реакторе. Macromol. Chem. Phys. 209 , 1106–1114 (2008).

    CAS Статья Google Scholar

  • 44.

    Нагаки А., Томида Ю. и Йошида Дж. Анионная полимеризация стиролов, контролируемая микропотоковой системой. Макромолекулы 41 , 6322–6330 (2008).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 45.

    Чжун, Ф., Чжоу, Ю.И Чен, М. Влияние смешения на удлинение цепи посредством фотоуправляемой / живой радикальной полимеризации в условиях непрерывного потока. Polym. Chem. 10 , 4879–4886 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 46.

    Морсбах, Дж., Мюллер, А. Х. Э., Бергер-Николетти, Э. и Фрей, Х. Цепи живых полимеров с предсказуемой молекулярной массой и дисперсностью посредством карбанионной полимеризации в непрерывном потоке: скорость перемешивания как ключевой параметр. Макромолекулы 49 , 5043–5050 (2016).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 47.

    Рейс, М. Х., Варнер, Т. П. и Лейбфарт, Ф. А. Влияние распределения времени пребывания на полимеризацию в непрерывном потоке. Макромолекулы 52 , 3551–3557 (2019).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 48.

    Cortese, B. et al. Моделирование анионной полимеризации в потоке со связанными изменениями концентрации, вязкости и коэффициента диффузии. Macromol. Реагировать. Англ. 6 , 507–515 (2012).

    CAS Статья Google Scholar

  • 49.

    Руссум, Дж. П., Джонс, К. У. и Шорк, Ф. Дж. Влияние режима потока на полидисперсность в трубчатой ​​миниэмульсионной полимеризации RAFT. AIChE J. 52 , 1566–1576 (2006).

    CAS Статья Google Scholar

  • 50.

    Лин, Б., Хедрик, Дж. Л., Парк, Н. Х. и Уэймут, Р. М. Программируемая высокопроизводительная платформа для быстрого и масштабируемого синтеза библиотек полиэфиров и поликарбонатов. J. Am. Chem. Soc. 141 , 8921–8927 (2019).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 51.

    Щикарски Т., Trzenschiok, H., Peukert, W. & Avila, M. Граничные условия притока определяют эффективность Т-смесителя. React. Chem. Англ. 4 , 559–568 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 52.

    Ху, Х., Чжу, Н., Фанг, З. и Го, К. Полимеризация с открытием кольца в непрерывном потоке. React. Chem. Англ. 2 , 20–26 (2017).

    CAS Статья Google Scholar

  • 53.

    Такахаши Ю. и Нагаки А. Анионная полимеризация с использованием проточных микрореакторов. Молекулы 24 , 1532 (2019).

    PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 54.

    Чжоу, Ю., Гу, Ю., Цзян, К. и Чен, М. Капельная фотополимеризация с помощью компьютера: преодоление проблем вязкости и облегчение создания библиотек сополимеров. Макромолекулы 52 , 5611–5617 (2019).

    CAS Статья ОБЪЯВЛЕНИЯ Google Scholar

  • 55.

    Уолш, Д. Дж., Датта, С., Синг, К. Э. и Гиронне, Д. Разработка молекулярной геометрии в полимерах для щеток для бутылок. Макромолекулы 52 , 4847–4857 (2019).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 56.

    Ализаде А., Ньето де Кастро К. А. и Уэйкхэм В. А. Теория дисперсионного метода Тейлора для измерения коэффициента диффузии жидкости. Внутр. J. Thermophys. 1 , 243–284 (1980).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 57.

    Beard, D. A. Taylor, Дисперсия растворенного вещества в микрожидкостном канале. J. Appl. Phys. 89 , 4667–4669 (2001).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 58.

    Taylor, G. Условия, при которых дисперсия растворенного вещества в потоке растворителя может использоваться для измерения молекулярной диффузии. Proc. R. Soc. Лондон. Сер. A. Math. Phys. Sci. 225 , 473–477 (1954).

    ADS CAS Google Scholar

  • 59.

    Тейлор, Г. Дисперсия растворимых веществ в растворителе, медленно протекающем через трубку. Proc. R. Soc. Математика. Phys. Англ. Sci. 219 , 186–203 (1953).

    ADS CAS Google Scholar

  • 60.

    Перера, Д.и другие. Платформа для автоматизированного скрининга реакций на уровне наномолей и синтеза в потоке на уровне микромолей. Наука 359 , 429–434 (2018).

    ADS CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 61.

    Уолш Д. Дж., Хаятт М. Г., Миллер С. А. и Гиронне Д. Последние тенденции в каталитической полимеризации. ACS Catal. 9 , 11153–11188 (2019).

    CAS Статья Google Scholar

  • 62.

    Lohmeijer, B.G.G. et al. Гуанидин и амидин органокатализаторы для полимеризации с раскрытием цикла циклических сложных эфиров. Макромолекулы 39 , 8574–8583 (2006).

    ADS CAS Статья Google Scholar

  • 63.

    Уолш Д. Дж. И Гиронне Д. Макромолекулы с программируемой формой, размером и химическим составом. Proc. Natl Acad. Sci. 116 , 1538–1542 (2019).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 64.

    Надь, К. Д., Шен, Б., Джеймисон, Т. Ф. и Дженсен, К. Ф. Смешивание и диспергирование в мелкомасштабных проточных системах. Org. Процесс Res. Dev. 16 , 976–981 (2012).

    CAS Статья Google Scholar

  • 65.

    Уолш, Д. Дж., Лау, С. Х., Хаятт, М. Г. и Гиронне, Д. Кинетическое исследование метатезисной полимеризации с раскрытием живого цикла с катализаторами Граббса третьего поколения. J. Am. Chem. Soc. 139 , 13644–13647 (2017).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 66.

    Хаятт, М. Г., Уолш, Д. Дж., Лорд, Р. Л., Андино Мартинес, Дж. Г. и Гиронне, Д. Механические и кинетические исследования метатезисной полимеризации норборненильных мономеров с раскрытием цикла с помощью катализатора Граббса третьего поколения. J. Am. Chem. Soc. 141 , 17918–17925 (2019).

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 67.

    Лав, Дж. А., Морган, Дж. П., Трнка, Т. М. и Граббс, Р. Х. Практичный и высокоактивный катализатор на основе рутения, который обеспечивает перекрестный метатезис акрилонитрила. Angew. Chem., Int. Эд. 41 , 4035–4037 (2002).

    CAS Статья Google Scholar

  • 68.

    Choi, T.-L. И Граббс, Р. Х. Контролируемая полимеризация с раскрытием цикла и метатезисом с помощью быстро инициирующего рутениевого катализатора. Angew.Chem., Int. Эд. 42 , 1743–1746 (2003).

    CAS Статья Google Scholar

  • 69.

    Уорсфолд Д. Дж. И Байуотер С. Анионная полимеризация стирола. Банка. J. Chem. 38 , 1891–1900 (1960).

    CAS Статья Google Scholar

  • 70.

    Геацинтов К., Смид Дж. И Шварц М. Кинетика анионной полимеризации стирола в тетрагидрофуране. J. Am. Chem. Soc. 84 , 2508–2514 (1962).

    CAS Статья Google Scholar

  • Молекулярные представления в открытии лекарств с помощью ИИ: обзор и практическое руководство | Journal of Cheminformatics

  • 1.

    Lawlor B (2016) Трест ассоциации химической структуры. Chem Int. 38 (2): 12–15

    CAS Статья Google Scholar

  • 2.

    Wiswesser WJ (1968) 107 лет записи линейных формул (1861–968). J Chem Doc. 8 (3): 146–150

    CAS Статья Google Scholar

  • 3.

    Чжоу П., Шан З. Двумерная молекулярная графика: уплощенный мир химии и биологии

  • 4.

    Кларк А.М., Лабуте П., Сантави М. (2006) 2D-изображение структуры. J Chem Inf Model 46 (3): 1107–1123

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 5.

    RasMol и OpenRasMol. http://www.openrasmol.org/. Проверено 27 апреля 2020 г.

  • 6.

    Francoeur E (2002) Сайрус Левинталь, Клюге и истоки интерактивной молекулярной графики. Индевор 26 (4): 127–131

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 7.

    Feldmann RJ, Heller SR, Bacon CRT (1972) Интерактивная, универсальная, трехмерная система отображения, манипуляции и построения графиков для биомедицинских исследований.J Chem Doc. 12 (4): 234–237

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 8.

    Гельберг А. Химические обозначения. В кн .: Энциклопедия библиотечно-информатики. 1970. стр. 510–28

  • 9.

    Вейнингер Д. (1988) SMILES, химический язык и информационная система: 1: введение в методологию и правила кодирования. J Chem Inf Comput Sci 28 (1): 31–36

    CAS Статья Google Scholar

  • 10.

    Heller SR, McNaught A, Pletnev I, Stein S, Tchekhovskoi D (2015) InChI, международный химический идентификатор ИЮПАК. J Cheminform. 7 (1): 23

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 11.

    Cereto-Massagué A, Ojeda MJ, Valls C, Mulero M, Garcia-Vallvé S, Pujadas G (2015) Поиск сходства молекулярных отпечатков пальцев при виртуальном скрининге. Методы 71: 58–63

    PubMed Статья CAS PubMed Central Google Scholar

  • 12.

    Siani MA, Weininger D, Blaney JM (1994) CHUCKLES: метод представления и поиска пептидных и пептоидных последовательностей как на мономерном, так и на атомном уровнях. J Chem Inf Comput Sci 34 (3): 588–593

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 13.

    Siani MA, Weininger D, James CA, Blaney JM (1995) CHORTLES: способ представления смесей на основе олигомеров и матриц. J Chem Inf Comput Sci 35: 1026–1033

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 14.

    Zhang T, Li H, Xi H, Stanton RV, Rotstein SH (2012) HELM: язык иерархической нотации для представления сложной структуры биомолекул. J Chem Inf Model 52 (10): 2796–2806

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 15.

    Танака К., Аоки-Киношита К.Ф., Котера М., Саваки Х., Цучия С., Фудзита Н. и др. (2014) WURCS: уникальное представление структур углеводов в Web3. J Chem Inf, модель 54 (6): 1558–1566

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 16.

    Jensen JH, Hoeg-Jensen T, Padkjr SB (2008) Создание базы данных биохимической информации. J Chem Inf, модель 48 (12): 2404–2413

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 17.

    Berman HM, Westbrook J, Feng Z, Gilliland G, Bhat TN, Weissig H et al (2000) Банк данных по белкам. Nucleic Acids Res 28 (1): 235–242

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 18.

    Grethe G, Blanke G, Kraut H, Goodman JM (2018) Международный химический идентификатор реакций (RInChI). J Cheminform. 10 (1): 22

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 19.

    Варнек А., Фурчес Д., Хунаккер Ф., Соловьев В.П. (2005) Субструктурные фрагменты: универсальный язык для кодирования реакций, молекулярных и супрамолекулярных структур. J. Comput Aided Mol Des. 19 (910): 693–703

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 20.

    Дугунджи Дж., Уги И. Алгебраическая модель конституционной химии как основа химических компьютерных программ. В кн .: Компьютеры в химии. Springer; 2006. с. 19–64

  • 21.

    Rose JR, Gasteiger J (1994) HORACE: автоматическая система иерархической классификации химических реакций. J Chem Inf Comput Sci 34 (1): 74–90

    CAS Статья Google Scholar

  • 22.

    Ertl P (2010) Ввод молекулярной структуры в Интернете.J Cheminform. 2 (1): 1–9

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 23.

    Guha R, Wiggins GD, Wild DJ, Baik MH, Pierce ME, Fox GC (2011) Повышение удобства использования и доступности инструментов хеминформатики для химиков через киберинфраструктуру и образование. Silico Biol. 11 (12): 41–60

    CAS Google Scholar

  • 24.

    Варнек А., Баскин И.И. (2011) Хемоинформатика как дисциплина теоретической химии.Мол Информ. 30 (1): 20–32

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 25.

    Васкес М., Краллингер М., Лейтнер Ф., Валенсия А (2011) Анализ текста для лекарств и химических соединений: методы, инструменты и приложения. Мол Информ. 30 (6–7): 506–519

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 26.

    Mater AC, Coote ML (2019) Глубокое обучение в химии.J Chem Inf Model 59: 2545–2559

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 27.

    Warr WA (2011) Представление химических структур. Wiley Interdiscip Rev Comput Mol Sci. 1 (4): 557–579

    CAS Статья Google Scholar

  • 28.

    Национальная академия наук UNRC. В кн .: Обзор химических систем обозначений. 1964. с. 1–467

  • 29.

    Leach AR, Gillet VJ (2007) Введение в хемоинформатику. Спрингер, Нидерланды, стр. 1–255

    Книга Google Scholar

  • 30.

    ChemDraw. PerkinElmer Informatics.

  • 31.

    MacRae CF, Sovago I, Cottrell SJ, Galek PTA, McCabe P, Pidcock E et al (2020) Mercury 40: от визуализации к анализу, дизайну и прогнозированию. J Appl Crystallogr. 53 (Pt 1): 226–235

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 32.

    Marcus DH, Donald EC, David CL, Tim EZ, Vandermeersch GRH (2012) Avogadro: расширенный семантический химический редактор, платформа визуализации и анализа. J Cheminform. 4:17

    Статья CAS Google Scholar

  • 33.

    Momma K, Izumi F (2011) VESTA 3 для трехмерной визуализации кристаллических, объемных и морфологических данных. J Appl Crystallogr 44 (6): 1272–1276

    CAS Статья Google Scholar

  • 34.

    Delano WL. PyMOL: инструмент молекулярной графики с открытым исходным кодом. https://www.ccp4.ac.uk/newsletters/newsletter40/11_pymol.pdf. Проверено 27 мая 2020 г.

  • 35.

    Хамфри В., Далке А., Шультен К. (1996) VMD: визуальная молекулярная динамика. J Mol График 14 (1): 33–38

    CAS Статья Google Scholar

  • 36.

    Кей Э., Бонди Дж. А., Мурти USR. Теория графов с приложениями. Vol. 28, Operational Research Quarterly (1970-1977).1977. с. 237

  • 37.

    Dietz A (1995) Еще одно представление о молекулярной структуре. J Chem Inf Comput Sci 35 (5): 787–802

    CAS Статья Google Scholar

  • 38.

    О’Бойл Н.М. (2012) На пути к универсальному представлению УЛЫБКИ — стандартный метод создания канонических УЛЫБК на основе InChI. J Cheminform. 4: 9

    Статья CAS Google Scholar

  • 39.

    Dalby A, Nourse JG, Hounshell WD, Gushurst AKI, Grier DL, Leland BA et al (1992) Описание нескольких форматов файлов химической структуры, используемых компьютерными программами, разработанными при ограниченном молекулярном дизайне. J Chem Inf Comput Sci 32 (3): 244–255

    CAS Статья Google Scholar

  • 40.

    Энгель Т., Гастайгер Дж. (2018) Хемоинформатика: основные понятия и методы. Уайли, Нью-Йорк

    Бронировать Google Scholar

  • 41.

    Leigh GJ, Favre HA, Metanomski WV. Принципы химической номенклатуры: руководство по рекомендациям IUPAC. Blackwell Science Ltd, редактор. Европейский журнал медицинской химии. Королевское химическое общество; 1998

  • 42.

    Цветные книги — IUPAC | Международный союз теоретической и прикладной химии. https://iupac.org/what-we-do/books/color-books/. По состоянию на 15 декабря 2019 г.

  • 43.

    Dyson GM, Lynch MF, Morgan HL (1968) Модифицированная система обозначений IUPAC-Dyson для химических структур.Inf Storage Retr 4 (1): 27–83

    CAS Статья Google Scholar

  • 44.

    Wiswesser WJ (1982) Как WLN возникла в 1949 году и как она могла бы быть в 1999. J Chem Inf Comput Sci 22 (2): 88–93

    CAS Статья Google Scholar

  • 45.

    Wiswesser WJ (1985) Историческое развитие химических обозначений. J Chem Inf Comput Sci 25 (3): 258–263

    CAS Статья Google Scholar

  • 46.

    Wiswesser WJ (1955) Молекулярная структура и моделирование вкуса. Va J Sci. 6: 16–21

    CAS Google Scholar

  • 47.

    David L, Arús-Pous J, Karlsson J, Engkvist O, Bjerrum EJ, Kogej T. et al (2019) Применение глубокого обучения для использования крупномасштабных и разнородных данных о соединениях в промышленных фармацевтических исследованиях, т. 10. Frontiers in Pharmacology, Frontiers Media SA, Нью-Йорк

    Google Scholar

  • 48.

    Дневной свет. https://www.daylight.com/. По состоянию на 23 апреля 2020 г.

  • 49.

    RDKit, Open-Source Cheminformatics. http://www.rdkit.org

  • 50.

    Бьеррум Э., Саттаров Б. (2018) Улучшение скрытого пространства химического автоэнкодера и молекулярного разнообразия поколений de novo с помощью гетероэнкодеров. Биомолекулы. 8 (4): 131

    PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 51.

    Bjerrum EJ. Перечисление SMILES как дополнение данных для нейросетевого моделирования молекул.arXiv Prepr. 2017

  • 52.

    Schneider N, Sayle RA, Landrum GA (2015) Приведите свои атомы в порядок — реализация с открытым исходным кодом нового и надежного алгоритма молекулярной канонизации. J Chem Inf Model 55 (10): 2111–2120

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 53.

    Morgan HL (1965) Создание уникального машинного описания химических структур — методика, разработанная в службе химических рефератов.J Chem Doc. 5 (2): 107–113

    CAS Статья Google Scholar

  • 54.

    Quirós M, Gražulis S, Girdzijauskaitė S, Merkys A, Vaitkus A (2018) Использование строк SMILES для описания химической связи в открытой базе данных кристаллографии. J Cheminform 10 (1): 1–17

    Статья CAS Google Scholar

  • 55.

    ChemAxon Extended SMILES и SMARTS — CXSMILES и CXSMARTS — Документация.https://docs.chemaxon.com/display/docs/ChemAxon_Extended_SMILES_and_SMARTS_-_CXSMILES_and_CXSMARTS.html#src-1806633_ChemAxonExtendedSMILESandSMARTS-CXSMILES- По состоянию на 8 апреля 2020 г.

  • 56.

    Домашняя страница OpenSMILES. http://opensmiles.org/. По состоянию на 23 апреля 2020 г.

  • 57.

    Теория дневного света: SMARTS — язык для описания молекулярных паттернов. https://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html. По состоянию на 15 ноября 2020 г.

  • 58.

    Southan C (2013) InChI в дикой природе: оценка поиска InChIey в Google. J Cheminform. 5 (1): 10

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 59.

    Плетнев И., Эрин А., Макнот А., Блинов К., Чеховской Д., Хеллер С. (2012) Сопротивление столкновению InChIKey: экспериментальная проверка. J Cheminform. 4:12

    Статья CAS Google Scholar

  • 60.

    Warr WA (2015) Многие InChI и некоторые подвиг. J Comput Aided Mol Des 29 (8): 681–694

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 61.

    Кодэ-хемоинформатика. https://chm.kode-solutions.net/products_dragon.php. По состоянию на 23 апреля 2020 г.

  • 62.

    Далке А. Ключ MACCS 44. http://www.dalkescientific.com/writings/diary/archive/2014/10/17/maccs_key_44.html. По состоянию на 28 марта 2020 г.

  • 63.

    MDL Information Systems I.Ключи MACCS

  • 64.

    Durant JL, Leland BA, Henry DR, Nourse JG (2002) Повторная оптимизация ключей MDL для использования при открытии лекарств. J Chem Inf Comput Sci 42 (6): 1273–1280

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 65.

    Schneider G, Neidhart W, Giller T, Schmid G (1999) «Скаффолд-прыжок» с помощью топологического фармакофорного поиска: вклад в виртуальный скрининг. Angew Chemie Int Ed. 38 (19): 2894–2896

    CAS Статья Google Scholar

  • 66.

    Роджерс Д., Хан М. (2010) Отпечатки расширенных возможностей подключения. J Chem Inf Model 50 (5): 742–754

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 67.

    CAS Content | CAS. https://www.cas.org/about/cas-content. По состоянию на 8 апреля 2020 г.

  • 68.

    Warr WA (2014) Краткий обзор систем баз данных химических реакций, компьютерного проектирования синтеза, прогнозирования реакций и возможности синтеза. Мол Информ. 33 (6–7): 469–476

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 69.

    Дженсен К.Ф., Коли К.В., Эйк Н.С. (2019) Автономное открытие в области химических наук, часть I: Прогресс. Angew Chemie Int Ed

  • 70.

    Grethe G, Goodman JM, Allen CH (2013) Международный химический идентификатор реакций (RInChI). J Cheminform. 5 (1): 45

    PubMed PubMed Central Статья CAS Google Scholar

  • 71.

    Jacob PM, Lan T, Goodman JM, Lapkin AA (2017) Возможное расширение RInChI как средства предоставления машиночитаемых данных процесса.J Cheminform. 9: 1

    Статья CAS Google Scholar

  • 72.

    Fujita S (1986) Описание органических реакций на основе воображаемых переходных структур. 1. внедрение новых концепций. J Chem Inf Comput Sci. 26 (4): 205–212

    CAS Статья Google Scholar

  • 73.

    Нугманов Р.И., Мухаметгалеев Р.Н., Ахметшин Т., Гимадиев Т.Р., Афонина В.А., Маджидов Т.И. и др. (2019) CGRtools: Python-библиотека для молекул, реакций и сжатый график обработки реакции.J Chem Inf Model 59 (6): 2516–2521

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 74.

    Gasteiger J, Jochum C (2006) EROS Компьютерная программа для генерации последовательностей реакций. В: Органические соединения. Springer, pp 93–126

  • 75.

    Kraut H, Eiblmaier J, Grethe G, Löw P, Matuszczyk H, Saller H (2013) Алгоритм классификации реакций. J Chem Inf Model 53 (11): 2884–2895

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 76.

    Bøgevig A, Federsel HJ, Huerta F, Hutchings MG, Kraut H, Langer T. et al (2015) Проектирование маршрутов в 21 веке: программный инструмент IC SYNTH как генератор идей для прогнозирования синтеза. Org Process Res Dev 19 (2): 357–368

    Статья CAS Google Scholar

  • 77.

    Segler MHS, Preuss M, Waller MP (2018) Планирование химического синтеза с помощью глубоких нейронных сетей и символического ИИ. Nature 555 (7698): 604–610

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 78.

    Chen WL, Chen DZ, Taylor KT (2013) Автоматическое картирование реакций и обнаружение реакционного центра. Wiley Interdiscip Rev Comput Mol Sci 3 (6): 560–593

    CAS Статья Google Scholar

  • 79.

    Эрлих Х., Рэри М. (2011) Максимальные общие алгоритмы изоморфизма подграфов и их приложения в молекулярной науке: обзор. ПРОВОДА Comput Mol Sci 1 (1): 68–79

    CAS Статья Google Scholar

  • 80.

    Raymond JW, Willett P (2002) Алгоритмы изоморфизма максимального общего подграфа для сопоставления химических структур. J Comput Aided Mol Design 16: 521–533

    CAS Статья Google Scholar

  • 81.

    Schneider N, Lowe DM, Sayle RA, Landrum GA (2015) Разработка нового отпечатка пальца для химических реакций и его применение для крупномасштабной классификации реакций и сходства. J Chem Inf Model 55 (1): 39–53

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 82.

    Patel H, Bodkin MJ, Chen B, Gillet VJ (2009) Основанный на знаниях подход к дизайну de novo с использованием векторов реакции. J Chem Inf, модель 49 (5): 1163–1184

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 83.

    Ghiandoni GM, Bodkin MJ, Chen B, Hristozov D, Wallace JEA, Webster J et al (2019) Разработка и применение модели классификации реакций на основе данных: сравнение электронной лабораторной записной книжки и литературы по медицинской химии .J Chem Inf Model 59 (10): 4167–4187

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 84.

    Coley CW, Green WH, Jensen KF (2019) RDChiral: оболочка RDKit для обработки стереохимии при извлечении и применении ретросинтетических шаблонов. J Chem Inf Model 59 (6): 2529–2537

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 85.

    Peerless JS, Milliken NJB, Oweida TJ, Manning MD, Yingling YG (2019) Информатика мягкой материи: текущий прогресс и проблемы. Моделирование теории адвокации. 2 (1): 1800129

    Артикул CAS Google Scholar

  • 86.

    Номенклатура и символика аминокислот и пептидов (1984) Pure Appl Chem 56 (5): 595–624

    Статья Google Scholar

  • 87.

    Минкевич П., Иваняк А., Даревич М. (2019) База данных BIOPEP-UWM биоактивных пептидов: текущие возможности.Int J Mol Sci. 20:23

    Статья CAS Google Scholar

  • 88.

    Милтон Дж., Чжан Т., Беллами К., Суэйзи Е., Харт С., Вайссер М. и др. (2017) Программное обеспечение HELM для биополимеров. J Chem Inf, модель 57 (6): 1233–1239

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 89.

    Чен В.Л., Леланд Б.А., Дюрант Дж.Л., Гриер Д.Л., Кристи Б.Д., Норс Дж. Г. и др. (2011) Автономное представление последовательности: устранение разрыва между биоинформатикой и хеминформатикой.J Chem Inf Model 51 (9): 2186–2208

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 90.

    HELM — Pistoia Alliance. https://www.pistoiaalliance.org/projects/current-projects/helm/. По состоянию на 23 апреля 2020 г.

  • 91.

    Knispel R, Büki E, Hornyák G, Mihala N, Tomin A, Keresztes G, et al. Инструменты информатики, использующие открытый стандарт HELM для управления и изучения баз данных химически модифицированных сложных биомолекул.https://chemaxon.com/app/uploads/2016/04/biotoolkit_2016-04_102_A4.pdf. По состоянию на 27 мая 2020 г.

  • 92.

    Бруно Б.Дж., Миллер Г.Д., Лим К.С. (2013) Основы и последние достижения в доставке пептидных и белковых лекарств. Ther Deliv. 4 (11): 1443–1467

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 93.

    Minkiewicz P, Iwaniak A, Darewicz M (2017) Аннотация пептидных структур с использованием SMILES и других химических кодов — практических решений.Молекулы 22 (2075): 1–17

    Google Scholar

  • 94.

    Sauna ZE, Lagassé HAD, Alexaki A, Simhadri VL, Katagiri NH, Jankowski W et al (2017) Последние достижения в разработке лекарств (терапевтический протеин). F1000 Research. 6: F1000

    Артикул Google Scholar

  • 95.

    Вальверде П., Арда А., Райхардт NC, Хименес-Барберо Дж., Химено А. (2019) Гликаны в открытии лекарств. Medchemcomm.10 (10): 1678–1691

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 96.

    Коннор Э. Ф., Лис И., Маклин Д. (2017) Полимеры как лекарства — достижения в терапевтических применениях полимерных связывающих агентов. J Polym Sci Часть A: Polym Chem 55 (18): 3146–3157

    CAS Статья Google Scholar

  • 97.

    Bohne-Lang A, Lang E, Förster T, Von der Lieth CW (2001) LINUCS: нотация LInear для уникального описания углеводных последовательностей.Carbohydr Res 336 (1): 1–11

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 98.

    Herget S, Ranzinger R, Maass K, Lieth CW (2008) GlycoCT — формат унифицирующей последовательности для углеводов. Carbohydr Res. 343 (12): 2162–2171

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 99.

    Ranzinger R, Kochut KJ, Miller JA, Eavenson M, Lütteke T, York WS (2017) GLYDE-II: формат обмена данными GLYcan.Perspect Sci 11: 24–30

    Статья Google Scholar

  • 100.

    Тукач П.В., Егорова К.С. (2020) Новые возможности нотации базы данных структуры углеводов (CSDB Linear) по сравнению с другими нотациями углеводов. J Chem Inf Model 60 (3): 1276–1289

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 101.

    Tsuchiya S, Yamada I, Aoki-Kinoshita KF (2019) GlycanFormatConverter: инструмент преобразования для перевода сложных гликанов.Биоинформатика 35 (14): 2434–2440

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 102.

    Чернышов И.Ю., Тукач П.В. (2018) REStLESS: автоматическая трансляция гликановых последовательностей из нотации на основе остатков в SMILES и атомные координаты. Биоинформатика 34 (15): 2679–2681

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 103.

    Matsubara M, Aoki-Kinoshita KF, Aoki NP, Yamada I, Narimatsu H (2017) Обновление WURCS 2.0 для инкапсуляции неоднозначных структур углеводов. Модель J Chem Inf. 57 (4): 632–637

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 104.

    Таймейер М., Аоки К., Полсон Дж., Каммингс Р.Д., Йорк В.С., Карлссон Н.Г. и др. (2017) GlyTouCan: доступный репозиторий гликановых структур. Гликобиология 27 (10): 915–919

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 105.

    Pillong M, Schneider G (2012) Представление углеводов с помощью моделей псевдорецепторов для виртуального скрининга при открытии лекарств. pp 131–46

  • 106.

    Bojar D, Camacho DM, Collins JJ (2020) Использование обработки естественного языка для изучения грамматики гликанов. bioRxiv

  • 107.

    Lin TS, Coley CW, Mochigase H, Beech HK, Wang W, Wang Z et al (2019) BigSMILES: структурно-ориентированная линейная нотация для описания макромолекул. ACS Cent Sci. 5 (9): 1523–1531

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 108.

    Брехер Дж. (2008) Стандарты графического представления диаграмм химической структуры: (Рекомендации ИЮПАК 2008 г.). Pure Appl Chem 80 (2): 277–410

    CAS. Статья Google Scholar

  • 109.

    Xemistry Chemoinformatics. https://www.xemistry.com/. По состоянию на 10 июня 2020 г.

  • 110.

    Molinspiration Cheminformatics. https://www.molinspiration.com/. По состоянию на 10 июня 2020 г.

  • 111.

    OASA. http: // bkchem.zirael.org/oasa_en.html. По состоянию на 10 июня 2020 г.

  • 112.

    Willighagen EL, Mayfield JW, Alvarsson J, Berg A, Carlsson L, Jeliazkova N et al (2017) The Chemistry Development Kit (CDK) v2.0: типирование атомов, описание, молекулярные формулы , и поиск подструктуры. J Cheminform. 9 (1): 1–19

    Статья CAS Google Scholar

  • 113.

    Mayfield J (2016) Более качественные химические изображения: извлеченные уроки и советы

  • 114.

    Консорциум функциональной гликомики. http://www.functionalglycomics.org/static/consortium/consortium.shtml. Доступ 27 мая 2020 г.

  • 115.

    Stierand K, Rarey M (2010) Рисование PDB: комплексы белок-лиганд в двух измерениях. ACS Med Chem Lett. 1 (9): 540–545

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 116.

    Гилмер Дж., Шёнхольц С.С., Райли П.Ф., Виньялс О., Даль Г.Э. (2017) Передача нейронных сообщений для квантовой химии.arXiv Prepr

  • 117.

    Withnall M, Lindelöf E, Engkvist O, Chen H (2019) Повышение внимания и нейронные сети с краевой сверткой для прогнозирования биоактивности и физико-химических свойств, привлекающие внимание и нейронные сети с краевой сверткой для. p 2

  • 118.

    Ян К., Свансон К., Джин В., Коли С., Эйден П., Гао Х. и др. (2019) Анализ изученных молекулярных представлений для прогнозирования свойств. J Chem Inf Model 59 (8): 3370–3388

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 119.

    Coley CW, Barzilay R, Green WH, Jaakkola TS, Jensen KF (2017) Сверточное вложение молекулярных графов с атрибутами для предсказания физических свойств. J Chem Inf, модель 57 (8): 1757–1772

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 120.

    Ли Й, Виньялс О., Дайер С., Паскану Р., Батталья П. (2018) Изучение глубинных генеративных моделей графов. arXiv Prepr

  • 121.

    Li Y, Zhang L, Liu Z (2018) Многоцелевой дизайн лекарств de novo с генеративной моделью условного графа.J Cheminform. 10 (1): 1–24

    Статья CAS Google Scholar

  • 122.

    Джин В., Барзилай Р., Яаккола Т. (2018) Вариационный автоэнкодер Junction Tree для создания молекулярных графов. arXiv Prepr

  • 123.

    Попова М., Швец М., Олива Дж., Исаев О. (2019) MolecularRNN: Создание реалистичных молекулярных графиков с оптимизированными свойствами. arXiv Prepr

  • 124.

    Джин В., Барзилай Р., Яаккола Т. (2019) Авторегрессионный преобразование из графика в график с несколькими разрешениями для молекул.chemArXiv. p 8266745

  • 125.

    Джин В., Ян К., Барзилай Р., Яаккола Т. (2018) Обучение мультимодальному преобразованию графов в графы для молекулярной оптимизации. arXiv Prepr. pp 1–14

  • 126.

    Coley CW, Jin W, Rogers L, Jamison TF, Jaakkola TS, Green WH, et al (2018) Модель сверточной графической нейронной сети для прогнозирования химической реактивности

  • 127

    Xu K, Hu W, Leskovec J, Jegelka S (2019) Насколько мощны графовые нейронные сети? С. 1–16

  • 128.

    Battaglia PW, Hamrick JB, Bapst V, Sanchez-Gonzalez A, Zambaldi V, Malinowski M, et al. Реляционные индуктивные предубеждения, глубокое обучение и сети на графах. 2018; 1–40

  • 129.

    Хассан М., Браун Р.Д., Варма-ОБрайен С., Роджерс Д. (2006) Химинформатический анализ и обучение в среде конвейерной обработки данных. Mol Divers. 10 (3): 283–299

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 130.

    Todeschini R, Consonni V (2007) Методы и принципы медицинской химии.стр. 438–438

  • 131.

    Чен Х., Энгквист О, Ван И, Оливекрона М., Блашке Т. (2018) Рост глубокого обучения в открытии лекарств. Drug Discov сегодня. 23 (6): 1241–1250

    PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 132.

    Санчес-Ленгелинг Б., Аспуру-Гузик А. (2018) Обратный молекулярный дизайн с использованием машинного обучения: генеративные модели для материальной инженерии. Наука. 361 (6400): 360–365

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 133.

    Senior AW, Evans R, Jumper J, Kirkpatrick J, Sifre L, Green T. et al (2020) Улучшенное предсказание структуры белка с использованием возможностей глубокого обучения. Nature 577 (7792): 706–710

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 134.

    Лю Б., Хе Х, Ло Х, Чжан Т., Цзян Дж. (2019) Искусственный интеллект и большие данные способствовали целенаправленному открытию лекарств. Stroke Vasc Neurol. 4: 290

    Статья Google Scholar

  • 135.

    SureChEMBL: SMARTS, не дружественный к MedChem. https://www.surechembl.org/knowledgebase/169485-non-medchem-friendly-smarts. По состоянию на 5 декабря 2019 г.

  • 136.

    Сушко И., Салмина Е., Потемкин В.А., Пода Г., Тетко И.В. (2012) ToxAlerts: веб-сервер структурных предупреждений о токсичных химических веществах и соединениях с потенциальными побочными реакциями. J Chem Inf, модель 52 (8): 2310–2316

    CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

  • 137.

    Baell JB, Holloway GA (2010) Новые фильтры субструктуры для удаления соединений, мешающих анализу (PAINS), из скрининговых библиотек и для исключения их из биоанализов. J Med Chem 53 (7): 2719–2740

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 138.

    Arús-Pous J, Johansson SV, Prykhodko O, Bjerrum EJ, Tyrchan C, Reymond JL et al (2019) Рандомизированные строки SMILES улучшают качество молекулярно-генеративных моделей.J Cheminform. 11: 1

    Статья Google Scholar

  • 139.

    Кадурин А., Алипер А., Казеннов А., Мамошина П., Ванхелен К., Храбров К. и др. (2017) Рог изобилия значимых выводов: применение глубоко состязательных автокодеров для разработки новых молекул в онкологии. Oncotarget. 8 (7): 10883–10890

    PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 140.

    Duvenaud D, Maclaurin D, Aguilera-Iparraguirre J, Gómez-Bombarelli R, Hirzel T, Aspuru-Guzik A, et al.Сверточные сети на графах для изучения молекулярных отпечатков пальцев. В кн .: Достижения в области нейронных систем обработки информации. 2015. pp 2224–32

  • 141.

    Урбанек Д.А., Прощак Э., Танрикулу Ю., Беккер С., Карас М., Шнайдер Г. (2011) Скаффолд-прыжок от аминогликозидов к малым синтетическим ингибиторам биосинтеза бактериального белка с использованием модели псевдорецепторов. Medchemcomm. 2 (3): 181–184

    CAS Статья Google Scholar

  • 142.

    Нассиф Х., Аль-Али Х., Хури С., Кейруз В. (2009) Предсказание сайтов связывания белок-глюкоза с использованием машин поддерживающих векторов. Proteins Struct Funct Bioinforma. 77 (1): 121–132

    CAS Статья Google Scholar

  • 143.

    Пай П.П., Мондал С. (2016) MOWGLI: прогнозирование остатков, взаимодействующих между белками и маннозой, с помощью ансамблевых классификаторов с использованием эволюционной информации. J Biomol Struct Dyn 34 (10): 2069–2083

    CAS PubMed Статья Google Scholar

  • 144.

    Dezso Z, Ceccarelli M (2020) Прогнозирование с помощью машинного обучения целей онкологических лекарств на основе свойств белка и сети. BMC Bioinf. 21: 1

    Статья CAS Google Scholar

  • 145.

    Кумар С., Маурья В.К., Прасад А.К., Бхатт MLB, Саксена С.К. (2020) Структурные, гликозилированные и антигенные вариации между новым коронавирусом 2019 года (2019-nCoV) и коронавирусом SARS (SARS-CoV). Вирусное заболевание. 31 (1): 13–21

    PubMed Статья Google Scholar

  • 146.

    Nguyen A, Huang YC, Tremouilhac P, Jung N, Bräse S (2019) ChemScanner: извлечение и повторное использование (возможность) химической информации из общих научных документов, содержащих файлы ChemDraw. J Cheminform. 11 (1): 1–9

    CAS Статья Google Scholar

  • 147.

    Frasconi P, Gabbrielli F, Lippi M, Marinai S (2014) Марковские логические сети для оптического распознавания химической структуры. J Chem Inf Model 54:37

    Артикул CAS Google Scholar

  • 148.

    Стакер Дж., Маршалл К., Абель Р., Маккуоу К.М. (2019) Извлечение молекулярной структуры из документов с использованием глубокого обучения. J Chem Inf Model 59 (3): 1017–1029

    CAS PubMed Статья PubMed Central Google Scholar

  • 149.

    Фото — геликаза вируса Зика 5Y6N в комплексе с АДФ. http://www.rcsb.org/3d-view/5Y6N. Доступ 8 января 2020 г.

  • 150.

    Изображение — Лимон. https://pixabay.com/sv/vectors/citron-citrus-mat-frukt-orange-148119/.Доступ 8 января 2020 г.

  • 151.

    Изображение — Оранжевый. https://pixabay.com/sv/vectors/apelsiner-frukt-saftiga-citrus-42394/. По состоянию на 8 января 2020 г.

  • 152.

    Изображение — Таблетки. https://pixabay.com/fr/photos/thermomètre-maux-de-tête-la-douleur-1539191/. По состоянию на 30 декабря 2019 г.

  • 153.

    Изображение — Rose Graphic Flower. https://pixabay.com/vectors/rose-graphic-flower-deco-398576/. По состоянию на 31 декабря 2019 г.

  • 154.

    Изображение — Красная контактная линза.https://unsplash.com/photos/R5CX8XDQLV0. По состоянию на 14 июля 2020 г.

  • 155.

    Изображение — Инсулин. https://www.flickr.com/photos/[email protected]/10083633053/. По состоянию на 26 декабря 2019 г.

  • 156.

    Изображение — Cyclosporin A. https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Cyclosporin-A#section=2D-Structure. По состоянию на 6 декабря 2019 г.

  • 157.

    Изображение — бутылка молока. https://pixabay.com/vectors/milk-bottle-glass-dairy-breakfast-2012800/. По состоянию на 26 декабря 2019 г.

  • 158.

    Creative Commons — Attribution 3.0 Unported — CC BY 3.0. https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/. Доступ 5 декабря 2019 г.

  • MIM Home

    Карта молекулярного взаимодействия (MIM) — это условное обозначение диаграмм, которое позволяет однозначно представлять сети. содержащие мультибелковые комплексы, модификации белков и ферменты, которые являются субстратами других ферментов.Это графическое представление позволяет просматривать все многие взаимодействия, в которых может участвовать данная молекула, и это может отображать конкурирующие взаимодействия, которые распространены в биорегуляторных сетях. Для облегчения связи с базами данных каждый молекулярный вид представлен на диаграмме только один раз. Формальное описание нотации MIM можно найти в Kohn et al., Molecular Biology of the cell 17, 1-13 2006.Обновленную формальную спецификацию для реализации программного обеспечения можно найти в Luna et al., BMC Bioinformatics 2011, 12: 167.

    Чтобы просмотреть краткую справку по символам MIM, щелкните здесь.

    Текущие редакторы диаграмм, реализующие эти символы, — это Pathvisio и MIMTool.

    MIM-диаграммы: Интерактивные электронные карты молекулярного взаимодействия (eMIM) позволяют пользователю перемещаться через сеть молекулярного взаимодействия и ссылку на молекулярные базы данных, ссылки и аннотации, содержащие соответствующую информацию.

    Молекулярные частицы могут быть расположены на карту с помощью координатной сетки с индексами и на eMIM через интерактивные ссылки. Каждое взаимодействие ссылается на список аннотаций, в котором можно найти соответствующую информацию и ссылки.

    Программное обеспечение MIM: Существует несколько текущих программных проектов для упрощения создания и редактирования диаграмм MIM и связанных метаданных. Некоторые из предоставленных программных компонентов позволяют разработчикам ускорить разработку поддержки MIM, позволяют использовать совместимые инструменты, и предоставить средства извлечения данных, содержащихся в диаграммах MIM, для других целей.

    eMIM (интерактивные):

    Старые карты могут использовать различные наборы символов, как описано в публикациях, связанных с каждой картой.

    • AKT — регулирование AKT реакциями фосфорилирования / дефосфорилирования.
    • Chk2 — клеточный ответ на двухцепочечные разрывы ДНК (DSB).
    • Chk2 (обновлено) — клеточный ответ на двухцепочечные разрывы ДНК (DSB).
    • EGFR — эвристический MIM передачи сигналов от рецепторов EGF.
    • Гистон — сборка хроматина во время репликации.
    • Гипоксия — активация транскрипции в ответ на низкий уровень кислорода.
    • p53 и Mdm2 — регуляторный ответ на повреждение ДНК.
    • p53-MdmX-Mdm2 — сетевая модель
    • Replication (обновлено) — регуляция клеточного цикла ранних стадий синтеза ДНК.
    • Replicative Senescence — регуляция старения с помощью контрольных точек клеточного цикла и эпителиально-мезонхимального перехода.
    • Перекрестная помеха SIRT1 / PARP1 — соединение повреждения ДНК и метаболизма.
    Карты взаимодействия Кона (статические):
    Программное обеспечение MIM:
    • Документация MIM
      • Спецификация MIM — Документация по чтению и пониманию диаграмм MIM. Примечание. Пользователи eMIM ссылаются на это описание.
      • MIMML XML Schema — XML-схема для машиночитаемый формат для диаграмм MIM, поддерживающий визуальную компоновку диаграмм MIM. Пример наборы данных.
    • Инструменты
    • MIM
      • MIM API — API на основе Java, который связывает элементы MIMML с объектами Java и предоставляет методы в стиле JavaBeans. такие как getFoo () и setFoo (), тем самым обеспечивая механизм для синтаксического анализа, создания и управления документами MIMML.Дополнительная документация представлена ​​здесь.
      • Плагин
      • MIM для Pathvisio — плагин Pathvisio, который добавляет возможность рисовать все глифы MIM, и аннотировать элементы диаграммы комментариями, литературными ссылками и ссылками на внешние базы данных; выводит в PDF, PNG, GPML и MIMML. Доступно для Windows, OS X и Linux с использованием независимой от платформы Java.
      • MIMTool — инструмент для рисования MIM, который выводит файлы SBML, MIMML и PDF.Он обладает новым полуавтоматическим движком для рисования ортогональных элементов. чтобы свести к минимуму изгибы и пересечения при рисовании взаимодействий. Доступно для Windows и Linux.
      • PathVisio-Validator — для использования с PathVisio-MIM этот плагин помогает в создании схем путей, обеспечивая правильное использование нотации MIM и тем самым уменьшая двусмысленность при совместном использовании диаграмм между биологами.
    Системная биология Графическое обозначение:
    Нотация MIM была основой для разработки компонента отношения сущности (SBGN-ER).

    alexxlab

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *