Наваз, С.М. Н. и Алви, С. Энергетическая безопасность для социально-экономической и экологической устойчивости в Пакистане. Heliyon 4 (10), e00854 (2018).

Артикул Google Scholar

Карре, Д. Ле Битум, Un Matériau Pour Le Développement Durable. RGRA-Revue Generale des Routes et des Aerodromes 2010 , No.883, 47

Де Кастро, К., Мигель, Л. Дж. И Медиавилла, М. Роль нетрадиционного масла в ослаблении пика масла. Энергетическая политика 37 (5), 1825–1833 (2009).

Артикул Google Scholar

Джаякоди, С., Галлаж, К. и Рамануджам, Дж. Рабочие характеристики переработанного заполнителя бетона в качестве несвязанного материала дорожного покрытия. Heliyon 5 (9), e02494 (2019).

CAS PubMed PubMed Central Статья Google Scholar

Sun, F. et al. Характеристики потока и теплопередачи перегретого пара в морских скважинах и анализ характеристик перегретого пара. Comput. Chem. Англ. 100 , 80–93 (2017).

CAS Статья Google Scholar

Sun, F. et al. Анализ эффективности закачки перегретого пара для извлечения тяжелой нефти и моделирование тепловой эффективности ствола скважины. Energy 125 , 795–804 (2017).

Артикул Google Scholar

Джимасбе, Р., Аль-мунтасер, А. А., Сувайд, М. А., В и арфоломеев, М. А. Сравнение обогащения тяжелой нефти и остатков вакуумной перегонки водой в сверхкритическом состоянии. В Серия конференций IOP: Науки о Земле и окружающей среде ; IOP Publishing, 2019; Vol.282, p. 12044

Djimasbe, R. et al. Исследование технологии производства модифицированных серных битумных вяжущих. Бык. Воронежский гос. Ун-т. Англ. Technol. 80 (2), 76 (2018).

Google Scholar

Sun, F., Yao, Y. & Li, X. Характеристики тепломассопереноса перегретого пара в сочетании с неконденсирующимися газами в горизонтальных скважинах с многоточечной закачкой. Энергетика 143 , 995–1005 (2018).

Артикул Google Scholar

Лю П., Му, З., Ли, В., Ву, Ю. и Ли, X. Новая математическая модель и экспериментальная проверка течения пенистой нефти при разработке пластов тяжелой нефти. Sci. Отчет 7 (1), 1–13 (2017).

ADS Статья Google Scholar

Chengzao, J., Zheng, M. & Zhang, Y. Нетрадиционные углеводородные ресурсы в Китае и перспективы разведки и разработки. Pet. Explor. Dev. 39 (2), 139–146 (2012).

Артикул Google Scholar

Аллен Р. Г., Литтл Д. Н., Бхасин А. и Гловер К. Дж. Влияние химического состава на микроструктуру асфальта и их связь с характеристиками дорожного покрытия. Внутр. J. Pavement Eng. 15 (1), 9–22 (2014).

CAS Статья Google Scholar

Абаев Г. Н., Кушнир Ю. В., Дубровский А. В., Михайлова О. Н., Андреева Р. А., Димуду И. А., Клюев А. И. Развитие методов испытаний для перегонки нефтепродуктов. Ind. Serv. 2013 48 (3)

Саней Х. Генезис твердых битумов. Sci. Отчет 10 (1), 1–10 (2020).

ADS Статья Google Scholar

Фулчер К., Стейси Р. и Спенсер Н. Битум из мертвого моря в раннем железном веке Нубии. Sci. Отчет 10 (1), 1–12 (2020).

Артикул Google Scholar

Рудык С. Взаимосвязь между SARA фракциями обычной нефти и тяжелой нефти. Natl. Остатки битума. Топливо 216 , 330–340 (2018).

CAS Google Scholar

Туробова М.А., Данилов В.Э., Айзенштадт А.М. Использование отходов деревообрабатывающей промышленности для модификации битума. В Серия конференций IOP: Материаловедение и инженерия ; IOP Publishing, 2020; Vol. 945, p 12061

Морозов В.А., Старов Д.С., Шахова Н.М., Колобков В.С. Производство дорожных асфальтов из нефтей с высоким содержанием парафина. Chem. Technol. Топливные масла 40 (6), 382–388 (2004).

CAS Статья Google Scholar

Чжан, Х., Чжу, К., Ю, Дж., Тан, Б. и Ши, С. Влияние нано-оксида цинка на свойства ультрафиолетового старения битума со степенью пенетрации 60/80. Mater. Struct. 48 (10), 3249–3257 (2015).

CAS Статья Google Scholar

Курлыкина А., Денисов В., Кузнецов Д., Лукаш Е. А. Щебеночно-мастичный асфальтобетон с использованием серововмещающих технологий. Вестник Белгородского государственного технологического университета.Шухов В.Г. 2020 , № 1

Абдуллин А.И., Идрисов М.Р., Емельянычева Е.П. Повышение термоокислительной устойчивости нефтяных битумов с использованием технологии «пероксидирование – разбавление» и введение антиоксидантных присадок. Pet. Sci. Technol. 35 (18), 1859–1865 (2017).

CAS Статья Google Scholar

Соенен, Х., Лу, X. и Лаукканен, О.-V. Окисление битума: молекулярная характеристика и влияние на реологические свойства. Rheol. Acta 55 (4), 315–326 (2016).

CAS Статья Google Scholar

Чаала А., Чиочина О. Г. и Рой К. Вакуумный пиролиз остатков автомобильного измельчителя: использование пиролитического масла в качестве модификатора дорожного битума. Resour. Консерв. Recycl. 26 (3–4), 155–172 (1999).

Артикул Google Scholar

Чаала А., Рой К. и Айт-Кади А. Реологические свойства битума, модифицированного пиролитической сажей. Топливо 75 (13), 1575–1583 (1996).

CAS Статья Google Scholar

Shah, A. et al. Обзор новых технологий добычи и обогащения тяжелой нефти и битума. Energy Environ. Sci. 3 (6), 700–714 (2010).

CAS Статья Google Scholar

Лодерер, К., Партл, М. Н. и Пуликакос, Л. Д. Влияние технологии производства резиновой крошки на характеристики модифицированного битума. Констр. Строить. Матер. 191 , 1159–1171 (2018).

Артикул Google Scholar

Мардупенко А., Григоров А., Синкевич И., Тульская А. Технология производства модифицированного битума для дорожного строительства. 2019

Cheraghian, G. & Wistuba, M.P. Исследование ультрафиолетового старения битума, модифицированного композитом из глины и наночастиц коллоидного диоксида кремния. Sci. Отчет 10 (1), 1–17 (2020).

Артикул Google Scholar

Кок М.В. Термические исследования сейитомерного горючего сланца. Термохим. Acta 369 (1–2), 149–155 (2001).

CAS Статья Google Scholar

Ришвана С.С., Махендран А. и Виджаякумар С.Т. Исследования структурно различных бензоксазинов на основе дифенолов и диаминов: кинетика термического разложения и исследования TG-FTIR. Термохим. Acta 618 , 74–87 (2015).

Артикул Google Scholar

Саванчук Р.А. Анализ влияния группового состава нефтепродуктов на показатели качества дорожных битумов. Альманах World Sci. 6 , 20–23 (2019).

Google Scholar

Абдуллин А., Идрисов М., Ганиева Т., Емельянычева Е. Водно-битумные эмульсии ; Литров, 2017

Волков В.Ю., Аль-Мунтасер А.А., Варфоломеев М.А., Хасанова Н.М., Сахаров, Б. В., Сувайд, М. А., Джимасбе, Р., Галеев, Р. И., и Нургалиев, Д. К. Низкополевая ЯМР-релаксометрия как быстрый и простой метод определения SARA-состава сырой нефти на месте. J. Pet. Sci. Англ. 196 , 107990

Ядыкина В.В., Акимов А.Е., Траутвайн А.И., Холопов В.С. Влияние понижающей температуры добавки ДАД-ТА на физико-механические свойства битума и уплотнение асфальтобетона. В Серия конференций IOP: Материаловедение и инженерия ; IOP Publishing, 2018; Vol.327, p 32006.

Мошреф Х.С., Кутьин Ю.А., Теляшев Е.Г. Нефтяные дорожные битумные материалы. Стандарты, качество, технологии, перспективы. Нефтегазовый бизнес 2012 , № 6

Кемалов А.Ф., Кемалов Р.А., Абдрафикова И.М., Фахретдинов П.С., Валиев Д.З. Полифункциональные модификаторы битумов и битумных материалов с высокими характеристиками. Достижения в области материаловедения и инженерии 2018 , 2018

Pereira, L. et al. Экспериментальное исследование влияния наполнителя на пластичность наполнительно-битумных мастик. Констр. Строить. Матер. 189 , 1045–1053 (2018).

Артикул Google Scholar

Чжан, Дж., Эйри, Г. Д. и Гренфелл, Дж. Р. А. Экспериментальная оценка прочности когезионного и адгезионного сцепления и энергии разрушения систем битум-заполнитель. Mater. Struct. 49 (7), 2653–2667 (2016).

CAS Статья Google Scholar

Хамидуллин Р., Ковальчук Д., Галиуллин Е. А. Экспериментальные исследования перегонки тяжелых нефтяных остатков в среде инертного газа. Казань Технол. Univ. Бык. 2015 , 18 (20).

Забродин А., Алибеков С. Ю., Забродина Н., Салманов Р., Марьяшев А. Анализ физико-механических свойств мазута М100. Вестник Казанского технологического университета 2013 , 16 (7).

Дедов А.Г., Марченко Д.Ю., Зрелова Л.В., Иванова Е.А. , Санджиева Д.А., Пархоменко А.А., Будинов С.В., Лобакова Е.С., Дольникова Г.А. органических соединений серы в углеводородных средах. Pet. Chem. 2018 , 58 (8), 714–720.

Хомаюни, Ф., Хамиди, А.А. и Ватани, А. Экспериментальное исследование снижения вязкости при транспортировке по трубопроводу тяжелой и сверхтяжелой сырой нефти. Pet. Sci. Technol. 30 (18), 1946–1952 (2012).

CAS Статья Google Scholar

(B) Экспрессия гена BCOR (нормализованное количество DESeq2) в клетках WT, BCOR ^KO или BCOR ^PUFD-Tr K562, представленная как среднее ± стандартное отклонение.

(C) Вестерн-блоттинг лизатов целых клеток от WT или BCORL1 ^KO K562 клонов одиночных клеток (относящихся к Фигуре 2A).Прогнозируемая молекулярная масса BCORL1-WT: 1785 а.о. / 190 кДа.

(D) PCGF1- и KDM2B-Co-IP-вестерн-блот-анализ (ядерные экстракты) в клетках WT, BCOR ^KO (KO) или BCOR ^PUFD-Tr (Tr) K562. Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(E) BCOR-Co-IP-вестерн-блот-анализ в клетках WT или BCOR ^PUFD-Tr (Tr) MOLM14. Клетки BCOR ^PUFD-Tr MOLM14 представляют собой основную популяцию с частотами отступов экзона 14 BCOR> 90%, определенными секвенированием по Сэнгеру и анализом TIDE (Brinkman et al., 2014). Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(F) Вестерн-блот-анализ ядерных экстрактов из WT, BCORL1 ^KO , BCOR ^PUFD-Tr , BCOR ^KO , BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO или BCOR / BCORL 916 ^KO K562 клеточных линий (относится к фиг. 2C; общий контроль загрузки: LMNB1). Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(G) Уровни экспрессии гена PCGF1 (нормализованные значения DESeq2) в BCOR-WT (Pt.1) или BCOR ^PUFD-Tr (Tr, Pt.5; BCOR p.L1647fs * 3) в клетках пациентов с AML представлены как среднее ± SD (верхняя панель). Нижняя панель показывает соответствующий вестерн-блот-анализ лизатов целых клеток.

(H) KDM2B-Co-IP-вестерн-блот-анализ в клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO K562, экспрессирующих HA-BCOR-CT (1462-1755aa). Клетки BCOR ^KO / BCORL1 ^KO , трансдуцированные контрольным вектором, использовали в качестве отрицательного контроля.

(I) Вестерн-блоттинг связанных и несвязанных IP-фракций анализа BCOR- или BCORL1-Co-IP в клетках WT или BCOR ^KO K562. IgG использовали в качестве отрицательного контроля.

Структурное моделирование показало, что гетеродимеры BCOR-PCGF1 и BCORL1-PCGF1 образуются отдельно (Junco et al., 2013; Wong et al., 2016), но неизвестно, рекрутируются ли эти гетеродимеры одновременно в отдельные PRC1.1. комплексов или независимо от различных комплексов in vivo. Чтобы различать эти возможности, мы выполнили реципрокный BCOR- и BCORL1-IP и вестерн-блоттинг в клетках WT (рис. 2B).Мы обнаружили, что BCOR и BCORL1 отсутствовали в IP реципрокного паралога, указывая на то, что BCOR-PRC1.1 и BCORL1-PRC1.1 являются взаимоисключающими комплексами. Кроме того, взаимодействия BCORL1 с PCGF1 и KDM2B были стабильными в отсутствие BCOR, что позволяет предположить, что комплексы BCOR-PRC1.1 и BCORL1-PRC1.1 собираются независимо.

Ранее in vitro было показано, что BCORL1-PUFD опосредует прямое взаимодействие с PCGF1, которое требуется для последующего взаимодействия с KDM2B (Wong et al., 2016, 2020). Напротив, недавнее исследование чЭСК показало, что BCOR-PUFD необходим для связывания PCGF1, но не KDM2B (Wang et al., 2018). Используя BCOR-Co-IP, мы обнаружили, что усечения BCOR-PUFD нарушают взаимодействия с PCGF1, не влияя на связывание BCOR с KDM2B (рис. 2B). Мы подтвердили наши результаты с помощью взаимных PCGF1- и KDM2B-Co-IP (рисунок S1D). В соответствии с нашими выводами в клетках K562, усечения BCOR-PUFD в клетках MOLM14 нарушали связывание с PCGF1, но не с KDM2B (рисунок S1E). Эти данные указывают на то, что BCOR-PUFD выполняет важную функцию в связывании PCGF1, который избирательно нарушается даже у пациентов с высоко экспрессируемыми C-концевыми мутациями, усекающими BCOR.

PCGF1-RAWUL, как сообщается, требует прямого взаимодействия с BCOR / BCORL1-PUFD для стабильности in vitro (Junco et al., 2013), но влияние этого взаимодействия на in vivo Сборка комплекса PRC1.1 или стабильность полноразмерного белка PCGF1 не были продемонстрированы. Поэтому мы проанализировали влияние мутаций BCOR и BCORL1 на содержание PCGF1 в клетках. В условиях BCOR ^KO / BCORL1 ^KO мы наблюдали полную потерю белка PCGF1, несмотря на отсутствие значительных различий в уровне мРНК PCGF1 (рис. 2C).Напротив, одновременная инактивация BCOR / BCORL1 не влияла на количество других PRC1.1-специфичных субъединиц (KDM2B, USP7, SKP1), субъединиц ферментативного ядра пан-PRC1 (RING1, RNF2, RYBP, CBX8), белков PCGF (BMI1). , PCGF3, PCGF5) или PRC2 (EZh3) (рисунок S1F). Уровень белка PCGF1 был снижен в образцах первичного AML с мутациями BCOR (рисунки 2D и S1G).

Мы наблюдали подобный избирательный эффект на уровень белка PCGF1 в клетках BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO (рис. 2C), что указывает на то, что белок BCOR, лишенный PUFD, не может стабилизировать PCGF1.Чтобы проверить, достаточно ли C-концевых PCGF1-связывающих доменов BCOR для восстановления взаимодействий BCOR-PCGF1 и стабильности белка PCGF1 in vivo, мы экспрессировали HA-меченные домены BCOR-PUFD или BCOR-CT в BCOR ^KO / BCORL1 ^КО ячеек (рис. 2Е). Экспрессии BCOR-PUFD было достаточно для образования стабильного гетеродимера с PCGF1 и восстановления взаимодействия с RNF2 (рис. 2E). В соответствии с предыдущими выводами (Wang et al., 2018; Wong et al., 2020), домен BCOR-CT, содержащий домены ANK / линкер и PUFD, аналогичным образом восстанавливает стабильное взаимодействие с PCGF1, но также связан с KDM2B (Рисунки 2E и S1H).Таким образом, домен PUFD был необходим и достаточен для связывания и стабилизации белка PCGF1, тогда как ANK / линкер был необходим для совместного рекрутирования KDM2B.

Единственное нарушение BCOR (BCOR ^KO или BCOR ^PUFD-Tr ) вызвало только частичное снижение уровней белка PCGF1, а единственное нарушение BCORL1 (BCORL1 ^KO ) не повлияло на изобилие белка PCGF1 (Рисунок 2C), указывает на то, что постоянная экспрессия паралогичных BCORL1 или BCOR компенсирует потерю BCOR или BCORL1, соответственно.Мы предположили, что различное влияние BCOR по сравнению с потерей BCORL1 на общий уровень белка PCGF1 было связано с различиями в уровне экспрессии паралога на исходном уровне. В соответствии с этой гипотезой, BCOR экспрессировался более высоко, чем BCORL1 в клетках WT K562 (рис. 2F). В более широком смысле, BCOR был преимущественно экспрессируемым паралогом в других клеточных линиях BCOR / BCORL1 ^WT AML (KG1, OCIAML3, MV4-11 и MOLM13), в первичных образцах AML и во всем нормальном гематопоэзе, включая стволовые клетки и клетки-предшественники, и зрелые клетки крови всех клонов (Рисунки 2G и 2H).В соответствии с более высокими уровнями экспрессии BCOR, BCOR вносил вклад в большинство взаимодействий PCGF1 в анализе Co-IP (рисунок S1I). Мы также не наблюдали компенсаторного увеличения экспрессии гена BCORL1 или уровней белка в мутантных клетках BCOR (рис. 2F). Вместе наши данные показывают, что распространенность PCGF1 напрямую связана с составным уровнем уровней экспрессии BCOR и BCORL1 и что снижение уровней PCGF1 в отдельных BCOR или мутантных клетках BCORL1 пропорционально базовым уровням экспрессии оставшихся паралогов.

Мы показали, что общий эффект инактивации BCOR и BCORL1 заключается в дестабилизации уровней белка PCGF1. Следовательно, мы затем попытались определить влияние прямой потери PCGF1 на сборку комплекса PRC1.1. Для создания изогенных клеточных линий PCGF1 ^KO мы ввели мутации в домен PCGF1-RING или в область, которая ранее была идентифицирована как важный контактный сайт для взаимодействий PCGF1-PUFD (рисунок 3A) (Wong et al., 2016). Потеря PCGF1 не повлияла на стабильность белка BCOR или BCORL1 (рис. 3A).

(A) Вестерн-блоттинг ядерных экстрактов клеток WT или PCGF1 ^KO K562. Мутации PCGF1 показаны на схеме ниже. KO1: PCGF1-p.I60fs *. KO2: PCGF1-p. (I60fs *; p.Y163fs *). KO3: PCGF1-p.Y163del. Антитело PCGF1 RRID: AB_2721914 использовали для определения уровней белка PCGF1 (эпитоп: аминокислоты 128–247).

(B) Обогащение субъединиц PRC1.1 в масс-спектрометрическом анализе BCOR-IP в клетках WT или PCGF1 ^KO K562, представленных как изменение в log2 раза по сравнению с контролем BCOR ^KO . n = 2 (процесс повторяется для каждого условия). См. Также рисунки S2A-C.

(C) KDM2B-Co-IP-вестерн-блот-анализ (фракции элюирования, ядерные экстракты) в клетках WT или BCORL1 ^KO K562 (левая панель) и в WT, BCOR ^PUFD-Tr (Tr) или BCOR ^КО (КО) Ячейки К562 (правая панель).Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(D) KDM2B-Co-IP-вестерн-блот-анализ (ядерные экстракты) в WT, BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO (Tr / KO) или BCOR ^KO / BCORL1 ^KO (DKO) К562 клетки. Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(A) Обогащение партнеров по связыванию BCOR в анализе BCOR-IP MS. Графики вулканов показывают -log10 (p-значение) против log2-кратного изменения. n = 2 (процесс повторяется для каждого условия). Субъединицы, определяющие PRC1.1 (BCOR, KDM2B, PCGF1), выделены красным, ферментное ядро ​​(RING1, RNF2, RYBP, CBX8) — синим, а вспомогательные субъединицы (SKP1, USP7) — черным.

(B) Обогащение субъединиц PRC1.1 в анализе BCOR-IP MS в клетках WT, PCGF1 ^KO или BCOR ^KO K562, представленных как изменение в log2 раза по сравнению с контролем IgG.n = 2 (процесс повторяется для каждого условия).

(C) BCOR-Co-IP-вестерн-блоттинг (ядерные экстракты) в клетках WT или PCGF1 ^KO K562. Антитело PCGF1 RRID: AB_2721914 использовали для определения уровней белка PCGF1 (эпитоп: аминокислоты 128–247). Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(D) Фракции элюирования BCOR-Co-IP-вестерн-блоттинга в первичных клетках пациента AML BCOR ^WT (верхняя панель) или клеточных линиях OCI-AML3 и KG1 (нижняя панель).Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками.

(E) Фракции элюирования BCORL1-Co-IP-вестерн-блоттинга в клетках WT K562. Черная линия показывает результаты двух независимых экспериментов.

(F) KDM2B-Co-IP-вестерн-блот-анализ в клетках MOLM14 WT или BCOR ^PUFD-Tr (Tr). Клетки BCOR ^PUFD-Tr MOLM14 представляют собой основную популяцию с частотами отступов экзона 14 BCOR> 90%, определенными секвенированием по Сэнгеру и анализом TIDE (Brinkman et al., 2014). Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(G) BCOR- и KDM2B-Co-IP-вестерн-блот-анализ в WT, BCOR ^KO / BCORL1 ^KO (DKO) или BCOR ^KO / BCORL1 ^KO клеток, дополненных WT-BCOR (DKO ^BCOR ). Экзогенный полноразмерный WT-BCOR (изоформа BCOR 1) стабильно экспрессировался в клетках DKO ^BCOR с помощью лентивирусной трансдукции.

Чтобы идентифицировать BCOR-взаимодействующие белки в присутствии или в отсутствие PCGF1, мы иммунопреципитировали BCOR и проанализировали комплекс с помощью масс-спектрометрии (MS) в клетках WT или PCGF1 ^KO .В клетках WT основными партнерами по взаимодействию BCOR были PRC1.1-определяющие и вспомогательные субъединицы (PCGF1, KDM2B, USP7 и SKP1) и субъединицы ферментного ядра пан-PRC1 (RING1 / RNF2, RYBP и CBX8) (рис. 3B, S2A и S2B). Мы подтвердили эти результаты на клетках K562 с помощью IP-вестерн-блоттинга (рисунок S2C) и подтвердили взаимодействия BCOR с основными субъединицами PRC1.1 в первичных образцах пациентов с AML и в клеточных линиях OCI-AML3 и KG1 (рисунок S2D). Взаимодействия BCORL1 с PRC1.1-специфичными и пан-PRC1 субъединицами отражали взаимодействия BCOR (рисунок S2E).В клетках PCGF1 ^KO мы наблюдали потерю связывания BCOR с ферментативным ядром, включая RING1, RNF2, RYBP и CBX8 (Фигуры 3B и S2A-S2C).

Однако отсутствие PCGF1 не нарушает взаимодействия BCOR с KDM2B, SKP1 и USP7, указывая на то, что PCGF1 важен для связывания ферментативного ядра с комплексом, но не для опосредования взаимодействий BCOR-KDM2B.

Определить, оказывает ли непрямая потеря белка PCGF1 посредством мутаций BCOR и BCORL1 такой же эффект на PRC1.1 как прямая потеря PCGF1 посредством делеции гена, мы выполнили KDM2B-Co-IP в BCORL1 ^KO , BCOR ^PUFD-Tr , BCOR ^KO , BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO и BCOR ^КО / BCORL1 ^КО ячеек. По отдельности ни BCOR, ни BCORL1 мутации не вызывали полного нарушения взаимодействий KDM2B с субъединицами PRC1.1 (Figure 3C), что согласуется с нашим наблюдением, что BCOR-PRC1.1 и BCORL1-PRC1.1 образуют независимые комплексы с функцией избыточного адаптера в PRC1.1 сборка. Мы наблюдали аналогичные результаты в клетках BCOR ^PUFD-Tr MOLM14 (фигура S2F). Одновременное разрушение BCOR и BCORL1 привело к полному разъединению ферментативного ядра PRC1 от KDM2B, что отражается в потере связывания RING1, RNF2, RYBP и CBX8 (рис. 3D). Это открытие было идентичным в клетках, лишенных экспрессии белка BCOR (BCOR ^KO / BCORL1 ^KO ) и клетках, экспрессирующих усеченный PUFD BCOR (BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO ), что дополнительно подтверждает специфичность и абсолютное требование. для BCOR-PUFD в PRC1.1 сложная сборка. Чтобы подтвердить этот вывод, мы дополнили клетки BCOR ^KO / BCORL1 ^KO посредством экзогенной экспрессии полноразмерного BCOR и продемонстрировали восстановление уровней белка PCGF1 и взаимодействия KDM2B с ферментативными субъединицами ядра (рисунок S2G).

Для определения локализации комплексов BCOR- и BCORL1-PRC1.1 на хроматине мы выполнили BCOR, BCORL1, KDM2B и RNF2 ChIP-seq в ячейках K562.BCOR и BCORL1 связывались преимущественно с промоторными областями (рисунки 4A и S3A), и распределения связывания BCOR и BCORL1 в сайтах начала транскрипции (TSS) были значительно коррелированы (R ² = 0,7375, p <0,0001; Рисунок 4B). Связывание BCORL1 не изменилось в клетках BCOR ^KO по сравнению с клетками WT (фиг. 4A и 4B), а гены, связанные с BCOR и BCORL1, были совместно заняты субъединицами PRC1.1 KDM2B и RNF2 (фиг. 4A). Вместе эти результаты показывают, что BCOR-PRC1.1 и BCORL1-PRC1.1 комплексы независимо рекрутируются в общий набор целевых локусов.

(A) Общее количество пиков BCOR и BCORL1 (порог: -log10 (q-значение)> 10) в клетках WT K562 (верхняя панель). Распределение пиков BCOR и BCORL1 в клетках WT K562 в соответствии с их геномным положением (нижняя панель).

(B) Диаграммы рассеяния, показывающие взаимосвязь между сигналами BCOR-ChIP-seq при TSS +/- 5kb в BCOR ^PUFD-Tr vs.Клетки WT K562 (верхняя панель) и клетки PCGF1 ^KO по сравнению с клетками WT K562 (нижняя панель).

Коэффициенты корреляции Пирсона и значения p (двусторонние), как указано.

(C) Общее количество пиков BCOR (порог: -log10 (q-value)> 10) в BCOR ^KO , BCOR ^PUFD-Tr , PCGF1 ^KO или KDM2B ^KO K562 ячеек (верхний панель). Распределение пиков BCOR в соответствии с их геномным положением (нижняя панель).

(D) Тепловая карта представляет собой обогащение BCOR-ChIP BCOR ^WT (Pt.1) или BCOR ^PUFD-Tr (Pt.5; BCOR p.L1647fs * 3) первичные образцы пациентов с AML при TSS +/- 5kb.

(E) BCOR-Co-IP-вестерн-блот-анализ (ядерные экстракты) в клетках WT или KDM2B ^KO K562. Короткая (90 кДа) и длинная (152 кДа) изоформы KDM2B отмечены стрелками (звездочка указывает неспецифическую полосу).

(F) Средние сигналы BCOR ChIP-seq (левая панель) и сигналы BCORL1 ChIP-seq (правая панель) в клетках WT K562 при промоторах, отличных от CGI (n = 7414), или промоторах CGI, разделенных на квантили на основе количества CpG на CGI (Q1-4 n = 2200; Q5 n = 2199).CGI: остров CpG.

(G) Профили средней плотности сигналов BCOR-ChIP в первичных образцах пациентов с AML BCOR ^WT (Pt.1) при богатых CpG (n = 10 851) или бедных CpG (n = 7352) промоторах (левая панель). Средние сигналы BCOR ChIP-seq в первичных образцах пациентов с AML BCOR ^WT на промоторах, не относящихся к CGI (n = 7414), или промоторах CGI, разделенные на квантили на основе количества CpG на CGI (Q1-4 n = 2200; Q5 n = 2199) .

(H) Средние сигналы BCOR ChIP-seq в клеточных линиях KG1, OCI-AML3 или MV4-11 AML на промоторах, отличных от CGI (n = 7414), или промоторах CGI, разделенных на квантили на основе количества CpG на CGI (Q1- 4 n = 2200; Q5 n = 2199).

(I) Средние сигналы BCOR- и BCORL1-ChIP-seq на промоторах CGI, подразделенные на основе средних процентов метилирования на CGI.

(A) Тепловые карты представляют собой обогащение BCOR-, BCORL1-, KDM2B- и RNF2-ChIP на сайтах начала транскрипции (TSS) +/- 5kb в клетках WT, BCORL1 ^KO или BCOR ^KO K562. Показатели сигнала BCOR-ChIP в клетках WT K562 использовали для предварительного определения PRC1.1 связанный (n = 11934) и несвязанный PRC1.1 (n = 6639) промоторы. Все тепловые карты сортируются и ранжируются на основе обогащения BCOR-ChIP в клетках WT.

(B) Диаграммы рассеяния, показывающие взаимосвязь между сигналами BCORL1- и BCOR-ChIP-seq при TSS +/- 5kb в клетках WT K562 (верхняя панель). Диаграммы рассеяния, показывающие взаимосвязь между сигналами BCORL1-ChIP-seq в клетках BCOR ^KO и WT K562 (нижняя панель). Биологические реплики условий BCOR ^KO нанесены черным (Rep1) или синим (Rep2) цветом.Коэффициенты корреляции Пирсона и значения p (двусторонние), как указано.

(C) Тепловые карты обогащения BCOR-ChIP-seq на PRC1.1 связанном (n = 11934) и несвязанном PRC1.1 (n = 6639) промоторах гена в BCOR ^KO , BCOR ^PUFD-Tr , PCGF1 ^КО , или КДМ2Б ^КО ячеек. Все тепловые карты сортируются и ранжируются на основе сигналов BCOR-ChIP в клетках WT (рис. 4A).

(D) Профили средней плотности сигналов BCOR-ChIP и BCORL1-ChIP в клетках WT K562 на промоторах с высоким содержанием CpG (n = 10,851) или с промоторами с низким содержанием CpG (n = 7352).См. Также рисунок S3F.

(E) Отслеживание данных геномного покрытия для BCOR-ChIP-seq и BCORL1-ChIP-seq на неметилированных (FGFR1) или метилированных (TLX2) промоторах островков CpG. Процент метилирования CpG-сайтов указан цветовым градиентом.

(F) Схема набора PRC1.1 в условиях BCOR ^PUFD-Tr , PCGF1 ^KO и KDM2B ^KO . BCOR стабильно рекрутируется для генов-мишеней в условиях BCOR ^PUFD-Tr и PCGF1 ^KO , но не в клетках KDM2B ^KO , что указывает на то, что для PRC1 требуется KDM2B, но не ферментное ядро.1 набор лейкозных клеток.

В человеческих ESC связывание PRC1.1 с большинством генов-мишеней, как сообщается, зависит от RING1 / RNF2 (Wang et al., 2018), тогда как в мышиных ESC рекрутирование PRC1.1 в значительной степени опосредуется KDM2B (Farcas et al. al., 2012; He et al., 2013; Wu et al., 2013). Это указывает на то, что механизм рекрутирования PRC1.1 может зависеть от типа клеток. Чтобы определить дифференциальную потребность в ферментативном ядре PRC1 и KDM2B в привлечении комплекса PRC1.1 в лейкозных клетках человека, мы выполнили BCOR-ChIP-seq в клетках WT или клетках, дефицитных по разным PRC1.1 субъединицы. Как в клетках BCOR ^PUFD-Tr , так и в клетках PCGF1 ^KO , где BCOR селективно отделен от ферментативного ядра, сохраняя при этом связывание с KDM2B, количество пиков BCOR было аналогичным по сравнению с WT (рисунки 4C, S3A и S3C) и Распределение связывания BCOR в TSS значимо коррелировало с обогащением BCOR в WT (WT против BCOR ^PUFD-Tr , R ² = 0,8949, p <0,0001 и WT против PCGF1 ^KO , R ² = 0,9413 , p <0,0001; рисунок S3B).Мы подтвердили этот вывод на первичных образцах пациентов, подтвердив, что усеченный BCOR поддерживает связывание с генами-мишенями (рисунок S3D).

Чтобы проверить необходимость KDM2B в нацеливании PRC1.1, мы создали изогенные клеточные линии KDM2B ^KO путем введения мутаций сдвига рамки считывания выше ДНК-связывающего домена CXXC, что привело к потере как длинной, так и короткой изоформ. В этих условиях KDM2B ^KO BCOR сохранял нормальные взаимодействия с PRC1.1-специфическими субъединицами (USP7 и PCGF1) и ферментным ядром PRC1, но терял KDM2B-зависимое связывание с SKP1 (рисунок S3E).В отсутствие KDM2B мы наблюдали глобальную потерю связывания хроматина BCOR, которая была эквивалентна условиям отрицательного контроля BCOR ^KO (Фигуры 4C, 4E и S3C), что указывает на то, что нацеливание PRC1.1 на хроматин полностью зависит от KDM2B. Сообщалось, что KDM2B связывается с ДНК посредством своего домена цинковых пальцев CXXC, который распознает неметилированные CpG-островки (CGI) (Farcas et al., 2012; He et al., 2013; Wu et al., 2013). В соответствии с механизмом KDM2B-зависимого рекрутирования мы обнаружили, что связывание BCOR и BCORL1 было обогащено промоторами CGI и положительно коррелировало с содержанием CpG на промоторах CGI в клетках K562 (рисунки 4D и S3F), а также в образцах первичных пациентов с ОМЛ и в клеточных линиях лейкемии KG1, OCI-AML3 и MV411 (Рисунки S3G и S3H).Используя расширенное бисульфитное секвенирование с пониженной репрезентативностью (ERRBS) в клетках WT K562, мы обнаружили, что занятость BCOR и BCORL1 отрицательно коррелировала с уровнями метилирования ДНК в CGI (Фигуры 4E и S3I). Вместе эти результаты показывают, что KDM2B, но не PCGF1 или ферментное ядро, важен для рекрутирования BCOR- и BCORL1-PRC1.1 на неметилированные CpG-островки при лейкемии (рис. 4F).

Далее мы исследовали состояние хроматина PRC1.1-связанные и PRC1.1-несвязанные гены с использованием h4K27ac, h4K4me3, h4K27me3 и h3AK119ub ChIP-seq и ATAC-seq. Среди генов, связанных с PRC1.1, 78,2% (9336 из 11934) имели активное состояние хроматина, отраженное высокими уровнями h4K27ac и h4K4me3, высокой доступностью хроматина и высокой базовой экспрессией генов (Рисунки 5A и S4A). 21,8% (2598 из 11934) генов, связанных с PRC1.1, имели репрессированное состояние хроматина с высоким уровнем h4K27me3, высоким уровнем h3AK119ub и низкой экспрессией гена или ее отсутствием (Фигуры 5A и S4A). Напротив, PRC1.1-несвязанные гены (n = 6269) в основном имели неактивное состояние хроматина, связанное с уплотненным хроматином и отсутствием экспрессии генов (Фигуры 5A и S4A). Мы наблюдали аналогичное распределение связывания BCOR в клеточных линиях KG1, OCI-AML3 и MV4-11 и в первичных клетках пациентов с AML (Фигуры S4A-S4D).

(A) Уровни экспрессии генов (нормализованное количество DESeq2) активных, репрессированных или неактивных генов в клеточных линиях K562, KG1, OCI-AML3 или MV411.Оценки сигналов BCOR- и h4K27ac-ChIP в клетках K562 WT использовали для определения активного, репрессированного и неактивного состояний хроматина (как показано на фиг. 5A и S4C). Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили.

(B) Уровни экспрессии генов (нормализованное количество DESeq2) активных, репрессированных или неактивных генов в первичных клетках AML BCOR ^WT (Pt.1). Оценки сигналов BCOR- и h4K27ac-ChIP использовали для определения активного, подавленного и неактивного состояний хроматина (как показано на рисунке S4D).Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили.

(C) Тепловые карты и профили сигналов ChIP-seq BCOR, модификаций гистонов и сигналов доступности хроматина (ATAC) в клетках KG-1, OCI-AML3 и MV4-11 при активных, репрессированных или неактивных промоторах гена ( TSS +/- 5кб).

(D) Тепловые карты и профили сигналов ChIP-seq BCOR, модификаций гистонов и сигналов доступности хроматина (ATAC) в первичных клетках AML BCOR ^WT (Pt.1) на активных, репрессированных или неактивных промоторах гена (TSS +/- 5kb).

(E) Уровни экспрессии генов (log2-трансформированные нормализованные значения DESeq2) активных (n = 9335), репрессированных (n = 2597) или неактивных (n = 6268) генов (как определено на рисунке 5A) в WT или PRC1.1 мутантные клетки K562. Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили. Для статистического анализа использовался критерий суммы рангов Вилкоксона. n.s. р> 0,05, * р <0.05, ** p <0,01, *** p <0,001, **** p <0,0001.

(F) Диаграммы Венна представляют собой перекрытия активированных генов в мутантных клетках PRC1.1 по сравнению с контролем дикого типа (padj <0,05, кратное изменение> 2). В этот анализ были включены только гены, которые на исходном уровне находились в подавленном состоянии хроматина.

(G) Графики в виде прямоугольников и усов, представляющие уровни экспрессии (log2-трансформированные нормализованные значения DESseq2) генов, не отвечающих на PRC1.1 (n = 1799) и реагирующих на PRC1.1 (n = 632), у мутанта K562 WT или PRC1.1 ячеек (относящихся к Фигуре 5D).Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили. Для статистического анализа использовался критерий суммы рангов Вилкоксона. n.s. p> 0,05, * p <0,05, ** p <0,01, *** p <0,001, **** p <0,0001.

(H) Профили средней плотности гистоновых сигналов ChIP-seq в клетках WT K562 в генах, отвечающих на PRC1.1 (n = 632) или нечувствительных к PRC1.1 (n = 1799).

(I) Тепловые карты, представляющие сигналы h3AK119ub- и SUZ12-ChIP при TSS +/- 5kb в ячейках WT или BCOR ^KO / BCORL1 ^KO .

(A) Тепловые карты и графики профиля обогащения ChIP-seq BCOR, модификаций гистонов и сигналов доступности хроматина (ATAC), как указано. Показатели сигнала BCOR-ChIP в клетках K562 WT использовали для предварительного определения промоторов, связанных с PRC1.1 (n = 11934). Показатели сигнала BCOR- и h4K27ac-ChIP в клетках K562 WT использовали для определения активных, репрессированных и неактивных промоторов генов.Данные K562 h4K4me3-ChIP-seq были загружены из архива считывания последовательностей (SRA; SRR341173). Остальные наборы данных были созданы в этом исследовании. См. Также рисунок S4A.

(B) Число дифференциально экспрессируемых генов в мутанте PRC1.1 по сравнению с клетками WT K562 (кратное изменение> 2, padj <0,05). Дифференциально экспрессируемые гены были подразделены на основе их состояний хроматина, определенных на фиг. 5A.

(C) Столбчатая диаграмма представляет процентное соотношение генов с повышенной регуляцией в мутантных клетках PRC1.1 по отношению к общему количеству генов в каждом состоянии хроматина.

(D) Неконтролируемый иерархический кластерный анализ уровней экспрессии PRC1.1 связанных репрессированных генов в WT (n = 7) или PRC1.1 мутантных клетках K562 (BCORL1 ^KO (n = 3), BCOR ^PUFD-Tr (n = 2), BCOR ^KO (n = 7), BCOR ^KO / BCORL1 ^KO (n = 3), BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO (n = 2), KDM2B ^КО (n = 4), PCGF1 ^KO (n = 2)). Гены сгруппированы в гены, отвечающие на PRC1.1 (n = 632) или не отвечающие на PRC1.1 (n = 1799).Гены, реагирующие на PRC1.1, сгруппированы в гены C1 (n = 65) или C2 (n = 567). Уровни экспрессии генов показаны в виде относительных преобразованных значений VST. См. Также рисунок S4G.

(E) Профили средней плотности сигналов BCOR-, BCORL1- и RNF2-ChIP в клетках WT K562 в генах, отвечающих на PRC1.1 (n = 632) или нечувствительных к PRC1.1 (n = 1799).

(F) Число подсчетов CpG на PRC1.1-ответных (n = 632) или нечувствительных промоторах CGI (n = 1799).

**** p <0,0001, непарный t-критерий. Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили.

(G) Графики в виде прямоугольников и усов, представляющие гистоновые ChIP- и ATAC-seq сигналы в генах, отвечающих на PRC1.1 (n = 632), нормализованные по сигналам в генах, не отвечающих на PRC1.1 (n = 1799) в WT или BCOR ^КО / BCORL1 ^КО ячеек. Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 2,5-й и 97,5-й процентили.

(H) Профили средней плотности сигналов SUZ12-ChIP в клетках WT или BCOR ^KO / BCORL1 ^KO K562 на PRC1.1 реагирующий (n = 632) или нечувствительный к PRC1.1 ген (n = 1799).

(I) Данные о покрытии ChIP-seq и ATAC-seq отслеживают PRC1.1-чувствительный ген JAG1 в клетках WT или BCOR ^KO / BCORL1 ^KO K562.

Связывание с хроматином PRC1 само по себе не коррелирует напрямую с регуляторной активностью (Farcas et al., 2012; Klose et al., 2013). Таким образом, мы определили набор функциональных мишеней PRC1.1, анализируя влияние полной инактивации PRC1.1 на глобальную экспрессию генов по сравнению с PRC1.1 клетки WT. Мы обнаружили, что преобладающим последствием была активация гена, независимо от механизма комплексной инактивации, включая полную потерю PRC1.1 (BCOR ^KO / BCORL1 ^KO : 85,6%, 1481/1731), нарушение рекрутирования PRC1.1 в хроматина (KDM2B ^KO : 83,3%, 1380/1656) и избирательное разобщение ферментативного ядра PRC1 (BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO : 81,8%, 1060/1296 и PCGF1 ^KO : 92,3% , 756/819) (Рисунок 5B). Доля дифференциально экспрессируемых генов была самой высокой среди генов с репрессированным состоянием хроматина на исходном уровне, а гены с активным и неактивным состоянием хроматина демонстрировали относительно небольшие изменения (Рисунки 5B и S4E).Действительно, среди набора репрессированных PRC1.1-связанных генов мы наблюдали значительную активацию гена в BCOR ^KO / BCORL1 ^KO (29,8%), KDM2B ^KO (26,2%), BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO (21,5%) и PCGF1 ^KO (18,9%) (фиг. 5C), и имело место высокое перекрытие репрессированных генов с повышенной регуляцией во всех мутантных условиях PRC1.1 (фиг. S4F). Вместе эти результаты указывают на то, что нарушение PRC1.1 вызывает селективную дерепрессию генов-мишеней.

Чтобы идентифицировать набор генов-мишеней PRC1.1 среди генов с репрессированным хроматином на исходном уровне, мы выполнили неконтролируемую иерархическую кластеризацию экспрессии генов в WT и всех мутантных клетках PRC1.1. Мы определили два основных кластера генов: гены, отвечающие на PRC1.1 (n = 632) и не отвечающие на PRC1.1 гены (n = 1799) (рис. 5D). Уровни экспрессии генов, отвечающих за PRC1.1, были сильно увеличены во всех неактивных условиях PRC1.1 (BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO , BCOR ^KO / BCORL1 ^KO , PCGF1 ^KO , KDM2B ^KO , KDM2B ) по сравнению с контролем дикого типа, тогда как PRC1.1 нечувствительные гены показали сходные уровни экспрессии в мутантных клетках WT и PRC1.1 (рисунок S4G). Чтобы идентифицировать параметры, которые были связаны с реактивностью PRC1.1, мы оценили занятость PRC1.1 и модификации гистонов в генах, отвечающих или нечувствительных к PRC1.1. Гены, отвечающие на PRC1.1, показали более высокие уровни h3AK119ub и h4K27me3, чем гены, не отвечающие на PRC1.1 (рисунок S4H). Мы также наблюдали более сильное связывание BCOR, BCORL1 и RNF2 у реагирующих генов по сравнению с нечувствительными генами, которые коррелировали с более высокими уровнями CpG на промоторах CGI (Фигуры 5E и 5F), указывая на то, что PRC1.1 был необходим для поддержания репрессии определенного набора генов-мишеней, богатых CpG.

Недавние исследования показали, что отложение h3AK119ub с помощью неканонических PRC1 важно для рекрутирования PRC2 и поддержания репрессии целевых генов (Blackledge et al., 2020; Fursova et al., 2019; Tamburri et al., 2020). Мы предположили, что потеря PRC1.1 нарушает отложение h3AK119ub, что приводит к эпигенетической активации PRC1.1-чувствительных генов. Чтобы проверить эту гипотезу, мы выполнили h3AK119ub, h4K27me3, h4K27ac и ATAC-seq в клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO .Мы наблюдали снижение уровней h3AK119ub и h4K27me3 в генах, отвечающих за PRC1.1, в клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с клетками WT, в то время как уровни h4K27ac и доступность хроматина были увеличены (рисунки 5G и 5I). Нарушение PRC1.1 и снижение отложения h3AK119ub в генах, отвечающих за PRC1.1, были дополнительно связаны со снижением занятости PRC2 (Рисунки 5H и 5I), тогда как глобальные уровни h3AK119ub или PRC2 не были нарушены (Рисунок S4I). Эти данные предполагают, что ферментативная активность PRC1.1 поддерживает активную репрессию специфических генов-мишеней за счет отложения h3AK119ub и стабильного рекрутирования PRC2.

Чтобы идентифицировать PRC1.1-зависимые программы транскрипции в лейкозных клетках, мы выполнили анализ обогащения набора генов дифференциально экспрессируемых генов в клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с BCOR ^WT / BCORL1 ^WT клеток. Дифференциально экспрессируемые гены в условиях BCOR ^KO / BCORL1 ^KO были обогащены сигнальными путями, регулирующими плюрипотентность стволовых клеток (KEGG hsa04550), включая передачу сигналов FGF / FGFR, передачу сигналов PI3K-Akt и пути передачи сигналов TGF-ß, 6 (Фигуры 6B, SA5A) (Фигуры 6B, SA5A). , и S5B), что соответствует роли PRC1.1 в регуляции сигнальных программ стволовых клеток. Мы также наблюдали обогащение сигнальных путей, вовлеченных в рак (KEGG hsa05200), таких как сигнальные пути RAS и MAPK (Фигуры 6A, S5A и S5B).

(A) Избыточно представлены пути передачи сигналов KEGG на основании анализа обогащения набора генов дифференциально экспрессируемых генов в BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с клетками WT K562.NES: нормализованная оценка обогащения.

(B) Анализ обогащения пути KEGG генов, чувствительных к PRC1.1 (n = 632), с использованием gProfiler (g: GOSt) (Raudvere et al., 2019).

(C) Перепредставленные сигнальные пути KEGG на основе анализа обогащения набора генов дифференциально экспрессируемых генов в BCOR ^mut (n = 22) по сравнению с BCOR ^WT (n = 216) первичными образцами AML из исследования beatAML (Tyner et al. др., 2018). NES: нормализованная оценка обогащения.

(D) График вулкана, представляющий изменения экспрессии генов с усиленной регуляцией в BCOR ^mut (n = 22) по сравнению с первичными образцами AML BCOR ^WT (n = 216) из исследования beatAML (Tyner et al., 2018). Гены, представленные в сигнальных путях KEGG, регулирующих плюрипотентность стволовых клеток (hsa04550) или пути KEGG при раке (hsa05200), выделены красным. Изменения кратности Log2 1 и padj 0,05 показаны пунктирными линиями. 275 генов были значительно усилены более чем в 2 раза в клетках BCOR ^mut по сравнению с клетками BCOR ^WT .

(E) Анализ обогащения набора генов KEGG дифференциально экспрессируемых генов в BCOR ^PUFD-Tr по сравнению с образцами первичного AML BCOR ^WT .Верхний график представляет величину log2-кратных изменений для каждого гена. Нижний график показывает оценку обогащения (ES) (левая панель). Резюме чрезмерно представленных сигнальных путей KEGG на основе анализа обогащения набора генов дифференциально экспрессируемых генов в BCOR ^PUFD-Tr по сравнению с образцами первичного AML BCOR ^WT (правая панель). NES: нормализованная оценка обогащения.

(A) Анализ обогащения набора генов KEGG (GSEA) дифференциально экспрессируемых генов в BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с клетками WT K562. Верхний график представляет величину log2-кратных изменений для каждого гена. Нижний график показывает оценку обогащения (ES). См. Также рисунок S5A.

(B) График вулкана, представляющий изменения экспрессии генов активированных генов в BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с клетками WT K562. Гены, представленные в сигнальных путях KEGG, регулирующих плюрипотентность стволовых клеток (hsa04550) или пути KEGG при раке (hsa05200), выделены красным.Изменения кратности Log2 1 и padj 0,05 показаны пунктирными линиями. В клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO была значительно повышена более чем в 2 раза регуляция генов 1642 по сравнению с контролем WT.

(C) Анализ обогащения набора генов KEGG дифференциально экспрессируемых генов в BCOR ^mut (n = 22) по сравнению с BCOR ^WT (n = 216) образцов пациентов с AML из исследования beatAML (Tyner et al., 2018) . Верхний график представляет величину log2-кратных изменений для каждого гена.Нижний график показывает оценку обогащения (ES). См. Также рисунок S5C.

(D) Графики в виде прямоугольников и усов, представляющие уровни экспрессии (log2-преобразованные нормализованные значения DESeq2) в первичных образцах AML BCOR ^WT (n = 216) или BCOR ^mut (n = 22) (Tyner et al., 2018) . Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили.

(E) Дорожки данных покрытия ChIP-seq PRC1.1 гены-мишени JAG1 и FOXO1 в клетках BCOR ^WT (Pt.1) или BCOR ^PUFD-Tr (Pt.5) (левая панель). Соответствующие уровни экспрессии генов JAG1 и FOXO1 (нормализованные значения DESeq2, n = 2, технические повторы; правая панель).

Чтобы подтвердить наши результаты в первичных образцах пациентов, мы выполнили анализ дифференциальной экспрессии генов в образцах с (n = 22) и без (n = 216) мутациями BCOR из исследования Beat AML (Tyner et al., 2018). Дифференциально экспрессируемые гены в образцах с мутацией BCOR были обогащены регуляторами плюрипотентности стволовых клеток и сигнальных путей рака с более высокими уровнями экспрессии генов FGFR1, PDGFA и FOXO1 (рисунки 6C, 6D, S5C и S5D), аналогично тому, что мы наблюдали в BCOR. мутировавшие модели клеточной линии.

Используя анализ ChIP-seq и RNA-seq h4K27me3 и h3AK119ub, мы обнаружили, что гены-мишени PRC1.1 JAG1 и FOXO1 имели репрессированное состояние хроматина и слабо экспрессировались в первичных AML-бластах BCOR ^WT , тогда как эти гены были связаны с активным состоянием хроматина в первичных бластах BCOR ^PUFD-Tr AML (Фигуры 6E и S5E). В целом эти данные указывают на то, что инактивация PRC1.1 в AML с мутацией BCOR приводит к аберрантной экспрессии сигнальных программ стволовых клеток через эпигенетическую дерепрессию генов-мишеней.

У пациентов с миелоидными злокачественными новообразованиями мутации BCOR чаще всего обнаруживаются без одновременных мутаций BCORL1, что указывает на то, что частичное нарушение PRC1.1 является достаточным для запуска клонального преимущество. Мы предположили, что подмножество функционально значимых генов-мишеней PRC1.1 особенно чувствительно к количественному снижению численности PRC1.1. Поэтому мы сравнили влияние условий одиночного BCOR ^PUFD-Tr и BCOR ^KO на экспрессию генов с действием условий двойного мутанта (BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO и BCOR ^KO / BCORL1 ^KO ) и обнаружили, что подмножество генов, которые были активированы в условиях двойного мутанта BCOR / BCORL1, также индуцировались в одиночных мутантах BCOR.(Рисунок 7A и S6A).

(A) Диаграммы Венна представляют собой перекрытия значительно активированных генов в мутантных клетках PRC1.1 по сравнению с контролем WT.

(B) Графики в виде прямоугольников и усов, представляющие уровни экспрессии (log2-преобразованные нормализованные значения DESeq2) генов C1 (n = 65) и C2 (n = 567) в WT, BCORL1 ^KO , BCOR ^KO или BCOR / BCORL1 ^КО ячеек.Гены C1 и C2 были определены с использованием неконтролируемого иерархического кластерного анализа уровней экспрессии PRC1.1-чувствительных генов в мутантных клетках WT или PRC1.1, показанных на рисунке 5C. Линия в середине прямоугольника представляет собой медианное значение, края прямоугольника представляют 25-й и 75-й процентили, а усы показывают 5-й и 95-й процентили. Для статистического анализа использовался критерий суммы рангов Вилкоксона. n.s. р> 0,05, **** р <0,0001.

(C) График вулкана, представляющий изменения экспрессии генов с усиленной регуляцией в BCOR ^KO vs.WT (левая панель) и клетки BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с клетками WT (правая панель) K562. Показаны только PRC1.1-чувствительные гены кластера C1 (n = 65). Изменения кратности Log2 1 и padj 0,05 показаны пунктирными линиями.

(D) Данные о покрытии ChIP-seq и ATAC-seq отслеживают PRC1.1-чувствительный ген FGFR1 в WT или мутантных PRC1.1 клетках K562.

(E) Уровни экспрессии гена FGFR1 (нормализованное количество DESeq2) в клетках WT или PRC1.1 мутантных K562 (верхняя панель) представлены как среднее ± SEM.Соответствующий вестерн-блоттинг-анализ уровней белка FGFR1 (нижняя панель) (FGFR1: 91 кДа, гликозилированный FGFR1: 120 кДа).

(F) Схема экспериментального рабочего процесса для конкурентных анализов in vitro. 80% положительных контрольных клеток RFP657 смешивали с 20% BFP-положительных конкурентных клеток и культивировали в присутствии ДМСО или указанных лекарств с добавлением или без добавления FGF2 (10 нг / мл). Экспрессию флуорофора отслеживали с течением времени с помощью анализа проточной цитометрии. Конкурентные условия экспрессировали не нацеленный контроль или sgRNA, нацеленные на BCORL1, BCOR, BCOR и BCORL1 или KDM2B.

(G) Тепловые карты, представляющие процентное соотношение участников за 10 дней. Клетки культивировали в присутствии ДМСО (верхняя панель) или 1 мкМ иматиниба (нижняя панель) с добавлением или без добавления FGF2 (10 нг / мл).

(H) Процент конкурентных клеток, экспрессирующих sgRNAs, нацеленных на BCOR / BCORL1 (выделено красным) или не нацеливающий контроль (выделено темно-серым) с течением времени. Клетки обрабатывали только 1 мкМ иматиниба (сплошная линия) или 1 мкМ иматиниба и 1 мкМ FGFRi (PD173074) в комбинации (пунктирная линия).

В зависимости от их чувствительности к частичной инактивации PRC1.1, ответные гены сгруппированы в две группы: кластер 1 (C1, n = 65) и кластер 2 (C2, n = 567) (рис. 5D). Гены C1 показали значительно более высокие уровни экспрессии в клетках с одиночным BCOR ^KO и двойным BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с генами C2 и были значительно более высоко экспрессированы в двойных клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO , чем в клетках одиночные клетки BCOR ^KO (Рисунок 7B).Таким образом, снижение PRC1.1 в единичных мутантных клетках BCOR достаточно для активации подмножества высокочувствительных генов-мишеней PRC1.1, тогда как полная потеря PRC1.1 в клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO приводит к активации полного набора целевых генов. гены.

Внутри кластера генов C1 рецептор 1 фактора роста фибробластов (FGFR1) был одним из наиболее высоко регулируемых генов в частично или полностью дефицитных мутантных клетках PRC1.1 (Фигуры 7C и S6B). На исходном уровне локус FGFR1 имел репрессированное состояние хроматина, отмеченное низкой доступностью, обогащением h3AK119ub и h4K27me3 и отсутствием h4K27ac (рис. 7D).Соответственно, не было транскрипции FGFR1 и детектируемого белка FGFR1 (фиг. 7E). Частичная инактивация PRC1.1 в клетках BCOR ^KO и BCOR ^PUFD-Tr вызвала значительно повышенную экспрессию FGFR1 без эпигенетического репрограммирования, тогда как полное нарушение PRC1.1 в BCOR ^KO / BCORL1 ^KO , BCOR ^PUFD-Tr / BCORL1 ^KO , PCGF1 ^KO и KDM2B ^KO вызвали потерю репрессивных гистоновых меток и повышение доступности хроматина, что коррелировало со значительным увеличением экспрессии гена FGFR1 и уровней белка (рисунки 7D и 7E).Чтобы подтвердить это наблюдение на независимой модели линии клеток AML, мы генерировали клетки MOLM13 с BCOR ^KO , BCORL1 ^KO , BCOR ^KO / BCORL1 ^KO или KDM2B ^KO , и обнаружили, что инактивация PRC1.1 вызывает аналогичная активация экспрессии FGFR1 (рисунок S6C). Чтобы определить, был ли эффект инактивации PRC1.1 на экспрессию FGFR1 обратимым и поддерживал ли он зависимость от интактного BCOR / PRC1.1, мы экспрессировали sgRNA-устойчивую полноразмерную кДНК BCOR в клетках BCOR ^KO / BCORL1 ^KO .Комплементация экспрессии BCOR восстанавливала сборку комплекса PRC1.1 (рисунок S2G) и снижала уровни белка FGFR1 в клетках с дефицитом PRC1.1 (рисунок S6D).

(A) Число дифференциально экспрессируемых генов в мутанте PRC1.1 по сравнению с клетками WT K562 (кратное изменение> 2, padj <0,05). Дифференциально экспрессируемые гены были подразделены на основе их состояний хроматина, определенных на фиг. 5A.

(B) Графики вулкана, представляющие изменения экспрессии генов с усиленной регуляцией генов в мутанте PRC1.1 по сравнению с клетками WT K562. Показаны только PRC1.1-чувствительные гены кластера C1 (n = 65). Изменения кратности Log2 1 и padj 0,05 показаны пунктирными линиями.

(C) Вестерн-блот-анализ уровней белка FGFR1 в WT, BCORL1 ^KO , BCOR ^KO , BCOR ^KO / BCORL1 ^KO или KDM2B ^KO MOLM13 гликозилированных клеточных линиях AMLa1: FGFR1: 120 кДа).PRC1.1 мутантные клетки MOLM13 представляют собой основные популяции. Высокие частоты инделирования (> 90%) в соответствующих генах были подтверждены секвенированием по Сэнгеру и анализом TIDE (Brinkman et al., 2014).

(D) Вестерн-блот-анализ уровней белка FGFR1 в клетках WT, BCOR ^KO / BCORL1 ^KO (DKO) или BCOR ^KO / BCORL1 ^KO K562, дополненных клетками WT-BCOR (DKO16 ^{) BCOR . Экзогенный полноразмерный WT-BCOR стабильно экспрессировался в клетках DKO BCOR с помощью лентивирусной трансдукции.}

(E) Частота Indel через 19 дней после конкуренции in vitro между контролем и клетками-конкурентами в присутствии 1 мкМ иматиниба и лиганда FGF2 (10 нг / мл), определенная секвенированием по Сэнгеру и анализом TIDE (Brinkman et al., 2014).

(F) Вестерн-блот-анализ уровней белка FGFR1 через 13 дней после конкуренции контрольных клеток с клетками-конкурентами in vitro в присутствии 1 мкМ иматиниба и лиганда FGF2 (10 нг / мл). FGFR1: 91 кДа, гликозилированный FGFR1: 120 кДа, 140 кДа.

(G) Контроль или BCOR ^КО / BCORL1 ^КО клетки обрабатывали ДМСО или ингибитором FGFR PD173074 в возрастающих концентрациях в течение 72 часов.Жизнеспособность клеток измеряли с помощью люминесцентного анализа CellTiter-Glo (повторений n = 2, полосы ошибок указывают стандартное отклонение (SD)).

Сообщается, что усиление экспрессии FGFR1 является механизмом устойчивости к ингибированию тирозинкиназы (Javidi-Sharifi et al., 2019; Traer et al., 2014 , 2016), а мутации BCOR были специфически связаны с бластной фазой ХМЛ и устойчивостью к ингибиторам, направленным на BCR-ABL (Branford et al., 2018). Поэтому мы предположили, что нарушение PRC1.1 вызывает устойчивость к целевому ингибированию BCR-ABL в клетках K562 посредством дерепрессии FGFR1. Чтобы проверить эту гипотезу, мы оценили относительный рост клеток с дефицитом PRC1.1 по сравнению с контрольными клетками с использованием конкурентных анализов in vitro. Мы смешали меченые флуорохромом контрольные клетки (Cas9 плюс не нацеливающую sgRNA) и клетки-конкуренты (Cas9 плюс sgRNA, нацеленную на BCOR, BCORL1, BCOR / BCORL1 или KDM2B) в соотношении 80:20, затем использовали проточную цитометрию для измерения их относительной доли. более 10 дней с добавлением ингибиторов или без них (рис. 7F).В исходных условиях (среда с 10% сыворотки, ДМСО) клетки с мутацией PRC1.1 не обладали преимуществом селективного роста по сравнению с контрольными клетками (фигура 7G). Напротив, когда мы заблокировали передачу сигналов BCR-ABL с помощью иматиниба (1 мкМ), клетки BCOR ^KO , BCOR ^KO / BCORL1 ^KO и KDM2B ^KO показали преимущество избирательного роста по сравнению с контрольными клетками, что указывает на повышенную относительную устойчивость. к иматинибу (рис. 7G). Одиночные клетки BCOR ^KO , которые показали менее выраженную активацию сигнальных генов, включая FGFR1 (рисунки 7C и 7E), были менее устойчивы к иматинибу, чем двойные клетки BCOR ^KO / BCORL1 ^KO или KDM2B ^KO , что отражается более низкой долей BFP-положительных клеток на 10 день (BCOR ^KO : 27.5%; BCOR ^KO / BCORL1 ^KO : 52,1%; KDM2B ^KO : 49,7%) (Рисунок 7G). В каждом конкурентном состоянии мы наблюдали сопутствующее увеличение доли инделя на сайтах-мишенях sgRNA, подтверждая корреляцию между флуоресцентными маркерами и направлением генов (рисунок S6E).

Чтобы определить, опосредован ли эффект инактивации PRC1.1 на устойчивость к иматинибу активностью FGFR1, мы измерили функциональные последствия увеличения или ингибирования передачи сигналов FGFR1.

Добавление среды с FGF2 (10 нг / мл) увеличивало величину избирательного преимущества клеток BCOR ^KO , BCOR ^KO / BCORL1 ^KO и KDM2B ^KO по сравнению с контрольными клетками (рис. 7G) и коррелировало с высокими уровнями белка FGFR1 на 13 день (рисунок S6F).Напротив, одновременная обработка клеток иматинибом и селективным низкомолекулярным ингибитором FGFR1 PD173074 (10 нг / мл) полностью устраняла устойчивость клеток BCOR ^KO / BCORL1 ^KO по сравнению с клетками BCOR ^KO / BCORL1 ^KO , обработанными клетками только иматиниб (фигура 7H). Обработка клеток K562 одним PD173074 не влияла на рост или выживаемость клеток (фиг. S6G). Вместе эти данные указывают на то, что генетическая инактивация PRC1.1 вызывает устойчивость к иматинибу через его эффекты на FGFR1.

Здесь мы объединили генетический анализ 6162 первичных образцов пациентов с функциональными исследованиями клеточной линии и первичных образцов AML, чтобы определить роль изменений PRC1.1 в патогенезе миелоидных злокачественных новообразований. Мы обнаружили, что BCOR и BCORL1 являются центральными адаптерами, которые необходимы для сборки комплекса PRC1.1 и репрессии целевого гена. Связанные с лейкемией мутации BCOR и BCORL1 взаимодействуют, чтобы управлять прогрессированием заболевания, избирательно отделяя ферментативное ядро ​​RING / PCGF1 от комплекса, тем самым вызывая количественное снижение ферментативно активного PRC1.1 на хроматине и приводя к аберрантной активации онкогенных сигнальных программ. Далее мы демонстрируем, что дерепрессия генов-мишеней PRC1.1 в клетках лейкемии с мутациями BCOR / BCORL1 опосредует функциональную устойчивость к лечению ингибиторами киназ, которая обратима с ингибированием FGFR1.

Мутации онкогенных генов, которые вводят кодон преждевременной терминации, могут действовать по множеству механизмов, включая потерю или усиление функции в зависимости от экспрессируемого белкового продукта (Lindeboom et al., 2019; Ян и др., 2018). Здесь мы показываем, что патогенные мутации BCOR имеют различные последствия для экспрессии белка BCOR, но имеют общий механизм их эпигенетических и онкогенных эффектов. В частности, все мутации BCOR, связанные с лейкемией, вызывают потерю стабилизирующего взаимодействия между C-концевым доменом BCOR-PUFD и PRC1.1-специфическим адаптером PCGF1, что приводит к отделению ферментативного ядра PRC1 от PRC1, нацеленного на хроматин. 1 вспомогательный подкомплекс. Эта парадигма иллюстрируется подмножеством мутаций BCOR у пациентов, которые вызывают стабильную экспрессию усеченных PUFD белков, избегая нонсенс-опосредованного распада.Мы показываем как на образцах пациентов, так и на моделях сконструированных клеточных линий, что эти усекающие PUFD мутации BCOR нарушают связывание и стабильность PCGF1 и приводят к дерепрессии основного набора мишеней PRC1.1. Кроме того, мы обнаружили, что экспрессия BCOR-усеченного PUFD была функционально эквивалентна полной потере BCOR, что указывает на то, что изолированное нарушение взаимодействия белок-белок BCOR-PCGF1 является достаточным для повышения патогенности миелоидных злокачественных новообразований. Примечательно, что C-концевой усеченный BCOR, который потерял связывание с PCGF1, все еще был способен взаимодействовать с KDM2B, в соответствии с недавним исследованием, показывающим, что экзогенно экспрессируемый BCOR без PUFD связывает KDM2B, но не PCGF1 (Wang et al., 2018). Образование стабильного субкомплекса KDM2B-BCOR в отсутствие связывания PCGF1 может иметь более широкие последствия для онкогенеза. Например, предполагается, что внутренние тандемные дупликации (ITD) в доменах BCOR PUFD у пациентов со светлоклеточной саркомой почки (CCSK), CNS-PNET и другими видами рака нарушают взаимодействие PCGF1 (Wong et al., 2020). Мы предполагаем, что потеря PCGF1 может позволить онкобелкам захватить субкомплексы BCOR-ITD-KDM2B, что приводит к усилению или изменению функции PRC1.1, обеспечивая концептуальную модель, с помощью которой PRC1.1 изменения могут управлять онкогенезом в специфическом контексте рака.

Наше исследование обеспечивает механистическую основу для более высокой частоты мутаций BCOR при лейкемии по сравнению с BCORL1. Мы обнаружили, что BCOR и BCORL1 участвуют в функционально избыточных и взаимоисключающих видах PRC1.1, разделяя ключевые партнеры по взаимодействию с белками и располагаясь в одном и том же наборе локусов хроматина. Таким образом, совокупная активность PRC1.1 в клетке, по-видимому, отражает совокупность активности комплекса BCOR-PRC1.1 и BCORL1-PRC1.1.Далее мы обнаружили, что BCOR был значительно выше экспрессирован, чем BCORL1 при нормальном и злокачественном гематопоэзе, и что мутации BCOR не приводили к компенсаторному увеличению уровней экспрессии гена BCORL1 или наоборот. Следовательно, мутации BCOR вызывали более выраженное количественное снижение глобальных уровней PRC1.1, чем мутации BCORL1, которые коррелировали с активацией транскрипции набора высокочувствительных генов-мишеней PRC1.1. Наши данные показывают, что мутации BCOR и BCORL1 взаимодействуют путем прогрессивного снижения PRC1.1 и дозозависимая дерепрессия генов-мишеней PRC1.1. В соответствии с этой моделью, мутации BCORL1 обычно возникали в контексте ранее существовавшей мутации BCOR у пациентов с миелоидными злокачественными новообразованиями, которые были связаны с прогрессированием заболевания.

Мы обнаружили, что PCGF1 или KDM2B редко мутировали у пациентов с AML, но эта двуаллельная генетическая инактивация PCGF1 или KDM2B в нашей модели клеточной линии AML имитировала функциональные последствия мутаций BCOR / BCORL1. BCOR и BCORL1 расположены на X-хромосоме и, как сообщается, не избегают X-инактивации при раке (Grossmann et al., 2011), указывая на то, что полное функциональное нарушение BCOR или BCORL1 может быть достигнуто с помощью одного мутационного события у людей с генотипом XX или XY. Напротив, PCGF1 (хромосома 2) и KDM2B (хромосома 12) являются аутосомными генами и потребуют двух мутационных событий, чтобы вызвать дерепрессию целевого гена, что приведет к аналогичному клональному преимуществу. В соответствии с этим наблюдением, единственная мутация PCGF1, которую мы идентифицировали в когорте AML, присутствовала во фракции аллелей с высокой вариативностью, что указывает на потерю гетерозиготности.

Предыдущие исследования показали, что отложение h3AK119ub неканоническими комплексами PRC1 было критическим для репрессии целевого гена и рекрутирования PRC2 (Blackledge et al., 2020; Fursova et al., 2019; Tamburri et al., 2020). Это согласуется с нашим открытием, что нарушение PRC1.1 приводит к потере h3AK119ub и снижению связывания PRC2 в генах-мишенях, что коррелирует с активацией транскрипции. В то время как мы наблюдали широко распространенное связывание PRC1.1 с репрессированными промоторами, только субнабор PRC1, богатого CpG.Связанные гены 1 были дерепрессированы при разрыве PRC1.1. Ранее сообщалось о синергических, а также об уникальных функциях неканонических комплексов PRC1, предполагающих, что комплексы PRC1.3 / 5 или PRC1.6 могут компенсировать потерю PRC1.1 в общих генах-мишенях (Scelfo et al., 2019; Tamburri et al. ., 2020). Недавнее исследование показало, что комплексы PRC1 способствуют активной экспрессии генов в эмбриональных предшественниках эпидермиса мыши (Cohen et al., 2018). Хотя мы наблюдали связывание PRC1.1 с активными промоторами генов при лейкемии, мы не обнаружили изменений в уровнях экспрессии активных генов на PRC1.1 срыв. Поэтому мы предпочитаем модель, предложенную Farcas et al. (Farcas et al., 2012), в которых PRC1.1 может пробовать промоторы генов, богатых CpG, на чувствительность к Polycomb-опосредованному молчанию независимо от состояния их хроматина, тогда как дополнительные факторы необходимы для облегчения репрессии генов.

Идентификация специфических генных мутаций или сигнатур экспрессии генов может определять лекарственные реакции у пациентов с миелоидными злокачественными новообразованиями (Tyner et al., 2018). Мы обнаружили, что как в моделях клеточных линий, так и в образцах первичного AML, PRC1.1 был связан с активацией клеточных сигнальных путей, регулирующих плюрипотентность стволовых клеток, что согласуется с ранее предполагаемой ролью PRC1.1 в регуляции программ транскрипции стволовых клеток (Kelly et al., 2019; Wang et al., 2018). Мы также продемонстрировали, что эпигенетическая активация FGFR1 гена-мишени PRC1.1 опосредует устойчивость к иматинибу в PRC1.1-дефицитных клеточных линиях K562, которую можно преодолеть с помощью ингибирования FGFR1. Наши данные показывают, что клетки с дефицитом PRC1.1 были способны поддерживать передачу сигналов и выживаемость клеток в отсутствие передачи сигналов BCR-ABL за счет использования FGFR1 в качестве альтернативного пути передачи сигналов.Это подтверждается предыдущими исследованиями, демонстрирующими, что активация передачи сигналов FGFR была механизмом устойчивости к TKI в клетках K562 (Traer et al., 2014) и что мутации BCOR и BCORL1 были связаны с бластным кризисом у пациентов с CML (Branford et al., 2018). ). Наши результаты также предполагают, что мутации BCOR и BCORL1 могут в более широком смысле определять группу миелоидных злокачественных новообразований с дефицитом PRC1.1, которые отвечают на фармакологическое ингибирование гиперактивной передачи сигналов RAS / MAPK.

Globine — Kaj pa človekove pravice?

Доктор.Андрей Сая | (foto: Katoliška Cerkev)

13.04.2021, 19:10 Уредништво Радия Огнище

V Globinah ostajamo pri papeževi okrožnici Vsi bratje.Tokrat smo se lotili vprašanja človekovih pravic, ki se sistematično kršijo na all koncih sveta, po other strani pa se nanje sklicujemo pogosto takrat, ko nam ustreza zaradi lastnih interesov.

Гре за защиту чловека кот посамезника, за наук, да те права ижаяо из чловекове нараве. Ko je človek rojen, te pravice prinese na svet.Не подели му джи нобен краль, нобена влада в нобен председник. Beseda je v nadaljavanju tekla tudi o krščanskem pogledu na človekove pravice nekoč in danes, o kršitvah в различных интерпретациях тега, kar naj bi bilo temeljno in univerzalno za vse človeštas. Kakšne pravice imajo migranti in ali je odločitev za oziroma proti cepljenju tudi človekova pravica?

Z nami je bil profesor cerkvenega prava dr.